特别篇十五 - 第345话《与黑色组织面对面 满月之夜的双重迷案》两个半小时特别篇
日文名字：黒の组织と真っ向胜负 満月の夜の二元ミステリー
播映时间：2004年1月5日
剧情简介：兰收到暗示有杀人预告的万圣节晚会邀请函的小五郎和园子两个人去了晚会会场。另一方面、新一同样收到了一份一样的邀请函。而且新一和柯南是同一个人也渐渐暴露了。柯南用麻醉枪让拼命阻止他的哀睡着了。在幽灵船会场上扮成亡灵船长的举办人是某游戏开始了。但是发生了举办者被杀事件。与此同时，朱蒂出现在被一个人留在家里的哀的面前……
特别篇十六 - 第356话《怪盗基德令人惊异的空中漫步》一小时特别篇
日文名字：怪盗キッドの惊异空中歩行
播映时间：2004年4月12日
剧情简介：园子的亲戚，铃木财阀的顾问次郎吉在报纸上发出了一张给基德的挑战书。让他来盗取大宝石“大海的奇迹”……基德接受了挑战，说他前一天会演一出好戏。惊慌失措的警察们戒备森严，就在这种情况下，基德登场了！！幸运女神到底会向谁微笑？是侦探！？还是怪盗！？
特别篇十八 - 第425话《黑色冲击! 组织之手伸来的瞬间》两个半小时特别篇
日文名字：ブラックインパクト！组织の手が届く瞬间
收视率：13.1%
播映时间：2006年1月9日
剧情简介：小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。
小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。
随后，黑色组织制定了于下午1点在代号为ADP的地点暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定与柯南联手阻止暗杀计划。为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，柯南随即展开了推理……
特别篇二十一 - 第479话《与服部平次在一起的三天》二小时特别篇
日文名字：服部平次との 3日间
收视率：10.5%
播映时间：2007年7月16日
简介：柯南，小兰，服部平次，远山和叶乘坐小五郎驾驶的租赁车来到观赏樱花的著名景点。在这里，一位叫傅久的年轻修行僧在发现小五郎后很吃惊。原来傅久希望小五郎可以替他揭开一个谜团。据傅久讲，前几天，前来拜访和尚的一名女性从房间消失了。小五郎等人拜访寺院，柯南和平次决定弄清真相…。次日清晨，平次向柯南等人说出了自己即将出演，由日卖电视台企划的侦探甲子园的事情。据说将聚集全国的高中生侦探，决出日本第一的企划，自己将作为西部代表登场。柯南也作为平次的助手参加了在无人岛举行的侦探甲子园，这时，在《魔术快斗》活跃的名侦探，同时在第219话特别篇出现的高中生侦探白马探也出现了！
特别篇二十八 - 第521话《杀人犯 工藤新一》一小时特别篇
日文名字：杀人犯、工藤新一
收视率：9.6%
播映时间：2009年1月19日
剧情简介：收到自称屋田诚人寄来的关于1年前工藤新一所破解的杀人事件的推理存在疑点的信的平次，约上小五郎、柯南、小兰、和叶前往东奥穗村。平次等人在拜访村公所的时候，柯南则独自一人进入了森林。原来随信还有附寄给新一的一封信，约在山中小屋见面。此时，柯南突然感到莫名的痛苦。原来柯南在感冒后，从阿笠博士那里得到的药，居然是小哀研究出的APTX4869的解毒剤的试制品。小兰等人为寻找柯南，进入森林，却意外与新一相见。但是，新一因丧失记忆，甚至连小兰都忘记是谁了……
特别篇二十九 - 第522话《新一的真面目牵动小兰的眼泪》一小时特别篇
日文名字：新一の正体に兰の涙
收视率：11.3%
播映时间：2009年1月26日
剧情简介：从山路滚落失去意识的兰，梦见了在多罗碧加乐园一去不回的新一，醒来后，发现自己躺在一个山上的小屋里。此时，平次他们推门而入，并对小屋和旁边屋子进行了调查，发现了装子弹的空盒和贴满新一的新闻报道的墙壁，平次断定这是死亡罗神的落脚点。
之后，平次又发现了柯南留下的脚印，开始怀疑出现在大家面前的“工藤新一”的真实身份。
平次召集大家来到刑警跟前，宣布刺伤报社记者的人就是“工藤新一”！！“工藤新一”在众人面前痛哭流涕地述说原因，兰对这样的新一感到非常地陌生，死亡罗神的身影再次出现在屋外...!!