后来，梦出现在新岛周围，同时，超梦也在通过本体与克隆体的战斗，考验其克隆初学者鲍的能力。
在超梦摧毁了他出生的实验室后，火箭队队长坂崎以帮助超梦控制自己的能力为由，劝说超梦与他合作。恰恰相反，坂口把超梦当成了武器。在摆脱坂口的控制后，超梦质疑了他的存在，并决定报复他的制作人。为了达到目的，超梦邀请了包括电影主角肖智在内的几名宝可梦训练师到他的岛上，打算克隆他们的宝可梦。
计划成功后，情况变得越来越严重:本体与克隆体对抗以决定是否竞争，而Superdream本身与梦想对抗。肖志牺牲自己平息了争斗，后来又复活了。看到小智为了阻止原生生物和复制体之间的战争而被石化，终于被交战双方流下眼泪的样子所感动。超梦意识到原生动物和复制者都是真实的生命。于是我亲自斩断仇恨，抹去小智等人的记忆，带领复制体同伴踏上寻找栖身之地的旅程。