故事发生在龙珠五年后的世界，讲述了悟空和同伴保卫地球的故事。
悟空的哥哥拉提兹来到人间，揭露了悟空的战斗民族赛亚人身份。悟空和自行车魔王并肩作战，却因双方战斗力差异陷入苦战。孙悟空的儿子孙悟饭在关键时刻爆发，重创了拉蒂兹。悟空最终决定以同归于尽的方式收场，并在拉提兹露出破绽的瞬间，从背后陷害他，让魔法少年(比克大魔王)利用他的致命技能“魔法穿刺光杀炮”贯穿两侧击败对手。但在死前，拉提兹透露，他的两个更强的赛亚人同伴已经通过探测器得知他已经被杀死，并将在一年后入侵地球。
悟空死后，经上帝介绍，得以通过蛇道在世界之王修行。另一方面，包括魔法少年和小悟空的儿子悟饭在内的其他战士则各自独立练习，以应对一年后更强大的赛亚人的进攻。
一年后，赛亚人达尔(贝吉塔)和那巴进攻，乐平、交子、登辛顿、比克相继死亡。孙悟空从世界之王那里冲回来，打败了那巴。失去战斗力的巴丽被贝吉塔杀死了。最后，悟空、古林和悟饭一起打败了贝吉塔，但古林在试图杀死贝吉塔时被悟空阻止了。
随着赛亚人的进攻，魔法少年等人相继死亡，龙珠也消失了。为了复活死去的战友，克林、悟饭和布马出发前往娜美星寻找龙珠。为了获得永生，达尔也去了娜美。
另一方面，自称宇宙统治者的菲利(菲利萨兹)也为了龙珠去了娜美，于是战争开始了。从大地治愈中恢复后，悟空赶到娜美克星寻求支援，轻松击败了菲利的下属精英兵团。后来又打了飞力，飞力变身后实力大增。起初，悟空无法用20次王杰拳打败菲利萨。后来，菲利萨兹袭击了魔法男孩，杀死了库林。愤怒的悟空变成了传说中的超级赛亚人，打败了菲利萨兹，但娜美克星也难逃被炸掉的命运。孙悟空生死不明。
一年后，菲利萨兹和他的儿子来到地球，向悟空复仇。一个神秘的男孩出现了，在悟空回到地球之前，他变成了一个超级赛亚人，轻松打败了费利萨兹父子。原来，这个20年后来自未来的神秘男孩是贝吉塔和布马的儿子，他的名字叫“特兰克斯”。他预言三年后会有一个比费利萨更强大的敌人——人造人。悟空和比克隐瞒了特兰克斯的真实身份，通知了Z兵后，他们为此苦练。
除了人造人，还有沙鲁克，一个来自比特兰克斯更遥远未来的敌人，也是由格罗博士电脑公司制造的，融合了众多Z战士和费利萨兹父子的细胞。它在未来杀死了特兰克斯，乘时光机来到了现代，目标是将人造机器人17和18吸收成一个完整的躯体，因为在未来的时空里，人造机器人17和18已经被特南克斯击倒，不存在了。
悟空等人第一次遇到人造人19号，格罗博士化身为20号，悟空被心脏病击倒，但由于贝吉塔的营救，他变成了超级赛亚人，轻松击败了19号。后来Bike在即将打败20号的时候，乘20号逃回研究所，启动了17号和18号，已经封了，但是被自己做的17号和18号杀死，后来更加神秘。得知17号和18号要找的是还在养病的悟空，Gofan、Te Nanques等人赶紧把悟空搬到吴天师家继续休养，而比克大魔王则体会到了人造人的力量，找了一个神来合群，重新组合成了堪比超级赛亚人的强大战士。
沙鲁克此时已孵化吸收人类能量增强力量，合体魔法少年与他对战，不分胜负。悟空终于缓过来，醒了。为了在短时间内增强自己的实力，悟空向贝吉塔提出去灵异时间屋修炼，以超越超级赛亚人的境界。贝吉塔、泰南克斯和小悟空先后进入精神时间屋，贝吉塔和泰南克斯先与沙鲁克战斗，但仍然无法阻止沙鲁克成为一个完整的身体。
沙鲁克提议举办一场类似于世界上第一次武术大会的“沙鲁克游戏”，但挑衅的士兵们一一与他打起来。悟空修行后，先与它较量，知道自己无法战胜它，于是将希望托付给悟饭。Gofan一开始被打败了，后来因为愤怒，释放出超越父亲的能量，把沙鲁克打得落花流水，但沙鲁克却想和大地一起毁灭自己。幸运的是，悟空带着它离开了地球，却因为沙鲁克的爆炸而死去。沙鲁活了下来，在他的技能大增后，他回到地球再次与悟饭战斗。悟饭终于用龟波气功消灭了沙鲁。南克斯回到未来，打败了人造人。
七年后，悟饭已经成长为一名高中生。地球上有了新的敌人——邪恶的巴菲迪和魔人Buo。
悟饭、贝吉塔等人参加了世界上第一次武林大会，悟空也回到了人间参加战斗。原来，世界上第一个武术俱乐部隐藏着一个可怕的情节，但魔法大师巴菲迪从武术俱乐部中寻找强大的能量，以复活被密封在鸡蛋中的魔人Buo。贝吉塔内心的邪念被布菲迪利用，变成了超级赛亚人2打悟空，释放了很大的能量。悟饭和界王神都无法阻止Buo复活。Buo轻而易举地打败了悟饭，后来得救了。贝吉塔知道是他自己的想法让布欧复活了。打晕悟空后与Buou拼死一战，自爆牺牲后无法消灭Buou。
悟空把最后的希望寄托在他的遗腹子孙悟天和贝吉塔的儿子特南克斯身上。他想教他们“合体”的绝技，一起打败Buo，于是变成了超级赛亚人3来对抗他们(悟空当时是能打得过的，但他觉得应该给年轻人)。当他去世并与孙悟饭重聚时。经历了剧变的Buo技能再次增强，合体变身超级赛亚人3的悟天克斯也无法完全摧毁。被带到界王神修行的悟饭赶紧回到地球支持他。一开始占了上风，但是Buou居然吸收了悟饭Gus和Bick，再次压倒悟饭。
悟空在15世之前与界王神交换了性命，复活后回到了人间。他想和悟饭合作对付Buou，但是Buou吸收了悟饭。幸运的是，贝吉塔被及时带回地球，他们轻而易举地击败了布欧。然而，当他们进入Buou解救被吸收的同伴时，却误将Buou打回了刚出生时最邪恶的状态，甚至毁灭了大地和龙珠。悟空、贝吉塔和布欧在界王神战斗，最后在撒旦先生的帮助下，悟空收集了所有地球人的生命力，用毒气弹解决了魔人布欧。