在03版的设定中，真理之门其实就是方士世界和我们所生活的现实世界的分界线。爱德华穿过真理之门，去了英国伦敦，得知炼金术士的力量其实来自于我们真实世界战争中死去的人们。不过这个版本本来就是动画师创作的，03动画出来的时候原漫画还没有完成。
09版，也就是原著漫画中的真理之门，并没有那么神秘。应该只是通往灵魂世界和现实世界的大门。死去的灵魂会穿过这扇门去另一个世界。而你开门要东西，就要付出相应的代价。你可以通过制造一个人体来开门。但是他们会因为开门而被收取一定的过路费。艾德和艾尔试图通过人体制造一个复活的母亲。结果Ed失去了一条腿，Al失去了整个身体作为代价。这个设定在03版里也是一样的，但是03版真的可以靠贤者之石复活炼成的人，09版不行，只会炼出一个不相干的没有灵魂的身体。埃利克兄弟的主人霍恩海姆神父和马斯坦上校都在不同的情况下打开了门，并付出了相应的代价。