生活在现实中的人类抵抗组织队长莫斐斯一直在母体中寻找传说中的救世主，于是在人类抵抗组织成员三位一体的指引下，两人相遇，尼奥也在莫斐斯的指引下回到了真实的现实，逃离了母体。
直到那时，尼奥才意识到他一直生活在一个虚拟的世界里。真实的历史是20XX年，人类发明了AI(人工智能)，然后机器人叛变，和人类爆发战争，人类节节败退。
不得已，整个天空都被乌云笼罩，以切断机器人的能量(太阳能)。谁知机器人研发出了一种新的能源——生物能，利用基因工程人工制造出人类，然后连接到母体中，让他们在虚拟世界中生存，获得额外的能量。尼奥就是其中之一。
知道这些后，尼奥加入了人类抵抗组织。在莫斐斯的训练下，他逐渐成为一名强大的“黑客”，并逐渐显露出与其他黑客的不同，这让莫斐斯更加确定自己就是救世主。这时，人类抵抗组织中出现了叛徒，墨菲斯被捕，尼奥救出了墨菲斯。
但在逃跑的过程中，他被黑客帝国的“杀毒软件”特工史密斯杀死了。因此，吉尼奥德获得了新的力量。这时，现实世界中的三位一体与他亲密交谈，深深亲吻。在感受到现实世界的深情后，Neo像顿悟一样复活了。
复活后的Neo对自己的“救世主”身份毫不怀疑，意识到自己有能力改写母体中的程序。他立刻入侵了特勤局的一个程序——史密斯，让史密斯消失得无影无踪，其他特勤局程序闻风而逃。
扩展材料“The Matrix”的英文名是The Matrix。导演在片名中已经给大家解释过了:整部电影都是围绕《黑客帝国》展开的。但在引进中国后，电影的片名被翻译成了《黑客帝国》，吸引了大量观众，但很多人看到片名时下意识地认为这是一个关于电脑黑客的故事。
在电影中，“黑客帝国”是一个虚拟的世界程序，全人类的思想都与之相连。是人工智能创造了“矩阵”。他们创造了维持人类生存的“矩阵”，维持人类生存的目的是获取人类的电作为他们的能量。