《黑衣人:全球追凶》结尾没有彩蛋，但影片中隐藏着很多彩蛋。第一个彩蛋拿着记忆消除器的logo女神；这个镜头出现在影片的开头。虽然闪得很匆忙，但眼尖的网友还是看到了。
第二个彩蛋，黄波客串《黑衣人4》；在前几季的黑衣人系列中有很多我们熟悉的外星人，比如第二部的迈克尔杰克逊，第三部的姚明，现在第四部的黄波，让人期待。
黑衣人三蛋m代号的由来；女主角成为黑衣实习生后，代号是M，其实在第二部中，迈克尔杰克逊就想拥有M这个代号，但是没能实现愿望。这次女主角得到了M的代号，也说明她是最合适的接班人。
第四蛋外星狗弗兰克又出现了；黑衣人1997第一次出现的时候，片中出现了一只名叫弗兰克的外星狗。这一次，外星狗又惊了，其实是为了向死去的弗兰克致敬。
《黑蛋》第五系列与漫威漫画有关；其实《黑衣人》系列是根据同名漫画改编的，现在《黑衣人》漫画也归漫威漫画所有，所以他们之间的关系还是很密切的。
第六个彩蛋致敬黑衣人三部曲；威尔·史密斯和汤米·李·琼斯的《黑衣人》三部曲可以说是非常经典了，而在第四部《黑衣人》中，也有向两位前辈致敬的片段，可以说是引来了又一波回忆杀人潮！