故事从巨型运输机坠落在风之谷开始。这种输送机最初是多鲁米西亚用来从工业城市“佩吉特”运送囚犯的。娜乌西卡救出了被困在残骸中的女孩拉斯德尔，但女孩要求娜乌西卡烧掉残骸。我虽然不知道是什么意思，但还是同意让姑娘安心，姑娘立马就死了。第二天，在坠落地点发现了一大群跳动的血管。那就是“七日之火”中燃烧世界的终极武器“神兵”。
夏娜，堕落的多鲁米基亚王国的皇家女儿，派遣了大量的编队到风之谷。士兵们一个接一个地闯入这座城市。娜乌西卡被震耳欲聋的枪声惊醒，跑到她父亲的房间，发现她的父亲基尔已经死亡。对于山谷中的人来说，娜乌西卡自愿做人质，Ku·夏娜等待着裴吉特。娜乌西卡等人乘坐一艘大型运输艇，载着其他人质和食物前往佩吉特。途中，他遭到了一个名叫阿斯佩鲁的少年的袭击，他当时正驾驶着一艘战斗艇。被入侵的多米尼加王国的船迅速下降。娜乌西卡的运输船已经着火了，现在已经密不透风了。娜乌西卡的战斗艇缓缓降落，最后降落在被巨大树木环绕的水面上。
水中的王虫通知了娜乌西卡，阿斯佩鲁迷失在活生生的腐海中，于是娜乌西卡告别了目瞪口呆的Ku·夏娜和城里的老人，准备营救阿斯佩鲁。阿斯贝鲁被一大群王虫追赶着，掉进了巨水下面的一个洞里。当阿斯佩鲁即将被昆虫吞噬时，娜乌西卡像滑翔机里的风一样出现了。当娜乌西卡救阿斯佩鲁时，她不小心摔倒在地上，沙子盖住了娜乌西卡的身体，然后她掉了进去。最后，连滑翔机都被沙子吞没了，但后来有了意外的发现
离开腐海后，娜乌西卡得知佩姬用一只小王虫做向导，引诱一大群王虫来到风之谷，于是娜乌西卡赤手空拳与飞机机组人员对峙。他用枪指着娜乌西卡，开始攻击。娜乌西卡张开双臂，走向正在运转的机器。被撞击的飞机坠落在酸性湖边。被摔在地上的忍着疼痛，慢慢走近伤痕累累的王虫。然后，站出来阻止想要进入酸湖的小王虫。王虫似乎明白了的心思，王虫的眼睛由红转蓝。而娜乌西卡用自己的生命阻止了疯狂的王虫群。当王宠得知娜乌西卡为了阻止他们的攻击而牺牲了自己后，他用嘴里的金色触须治愈了娜乌西卡的伤，使她再次苏醒。
(注:风之谷剧照来源)