首先，我觉得楼上的朋友好像把问题搞得太死了。毕竟，没有直接证据证明一休没有死，那个长得像一休带着伤疤的人也可能不是一休。我先一点一点说吧。
一、关于一休的死与否
我不这么认为(我只是这么认为)。
1.最直接可以想象，青山大叔是出了名的完美主义者，祝大家都有官位。(即使是高木佐藤之外的一些刚出名的警察，也应该给个官位。。。)，连作者自己都说最后结局是HappyEnding。在这样一个完美主义作者的笔下，一休是海原爱姐姐的男朋友，这导致了她姐姐的谋杀。青山在认出海原爱之前，怎能忍心让一休死去？当然，海原爱姐姐的死可能违背了我说的完美主义精神，但我还是同意百科的说法，姐姐的死是为了引出海原爱。海原爱之所以被引出，是因为作者在动画制作中修改了与黑组织有关的情节，违背了作者将漫画定位于大龄儿童的理念，所以作者引出了一个与该组织关系密切的人进行反击。
2.先说说从动画里看到的线索。
不知道楼主还记不记得红与黑碰撞中的一集。组织找了一个没有水的医院，美国联邦调查局打算紧急把水调过来，但其实看了就能知道，调过来(就是假装调过来的水实际上并没有还给组织)柯南已经和一休研究过了，然后和美国联邦调查局其他人商量只是假装而已。当我们讨论用哪辆车装水的时候，柯南突然提出用医生的车装水。注:柯南不能让博士等人陷入被组织跟踪的危险，否则很容易查处海原爱。更何况原计划是故意让组织识破计划，把水送回去，没必要提出这样的建议。那么柯南为什么会提出这样的建议呢？接下来就是看了。一休假装组织柯南给医生打电话，并拿走了手机。秀吉知道柯南不能用医生的车，那他为什么拿走手机只是为了留下指纹？这样的行动可以证明他将来的死亡。你还记得朱迪验证她的指纹时高木说了什么吗？高木说，上面有朱迪、柯南和另一名男性的指纹，但柯南去医院核实是三名住院者中的哪一个在整理眼线，让两个人去取。我们可以想象柯南扔出了不同的手机，其中一个整理了南田眼线的指纹。后来柯南把这部手机借给了朱迪，拿去检测后发现了柯南、朱迪和南天的指纹，而南天已经在追捕中被击毙。秀吉很可能在车上调换了南天的尸体，故意把他的手摘下来不烧，留给警察检验。这完全让人以为他已经死了，既保护了水，又让他的身份消失了，方便了调查。而且，一休把车停在了相反的方向，车门的一侧靠在栏杆上，这可能和美国联邦调查局搜查官的逃跑方式一样。。爆炸时穿过了栏杆。。至于水武，毙了他。。我想可能是空弹什么的，而一休只是按了血袋什么的。但这也是我的胡乱猜测。毕竟我没有73那么聪明，我已经想出了一个全面的逃跑策略。。)。但是我觉得很有可能这样说指纹。
3.先说侦探组VS土匪组的几集。我真的不认为那个长得像一休的刀疤男是一休。如果是一休，他大摇大摆地走来走去，与水无关。。人在组织里也不好过。你在鬼混。很明显水屋是卧底，所以我觉得可以说他是波旁。因为波旁不相信一休死了(金说的)，所以让贝尔摩扮成一休四处看看，看看能不能找到一休还活着的证据。另外，一休和海原爱之间的关系是众所周知的，你也可以借机打探海原爱的行踪。
4.给我讲讲冲矢昴。
在最新的漫画中，冲矢昴和萧艾博士说，“不要露出那种表情，你不会让他跑掉的。。。"这句话和语气让萧艾想起了当时潜伏在该组织中的一休。她曾经对她说:“不要露出那种表情，就算我拼了命，我也会保护你。。。"所以大多数网友猜测他是一休。。。但我觉得也可能是青山大叔的圈套，故意让你觉得他是秀吉，其实不是。。我不敢断言他是谁，但个人更倾向于正面角色。因为柯南对他真的是100放心。楼主回忆了那几集荡气回肠的红靶，结尾出现了冲矢昴，打破了柯南的想法，柯南散播商场发优惠券的消息让客人避难。什么是避难？当然是为了避免在外面被组织者攻击，但如果只是一个普通人，怎么知道是有组织的呢？这意味着他知道所有的细节。既然知道了所有细节，说明柯南应该不是组织的人，柯南也知道自己的真实身份。在这种情况下，如果冲矢昴是一休，那就说得通了。也就是说，一休和柯南研究了假死的计划，并要求柯南帮助他化妆成冲矢昴。住在信义家里，柯南也知道冲矢昴的身份，看似合理，但就算合理，也是一厢情愿。真相取决于作者。
不过我一直觉得这些太容易让大家猜到了，所以不太可能作者打算发动绝地反击，得到一个大家都猜不到的结局。