2005年版是指第一季动画内容（因为有原创剧情的说）
相对的2006年版就是第二季了
漫画有两个
1.赤松健老师的漫画，也就是原作，目前连载到302话
2.赤松健×藤真拓哉 的《魔法老师！？neo》，其实是粉碎机——新房昭之监督制作的魔法老师第二季动画的改篇漫画，在人物关系方面和学校方面都对当初的设定进行了不小的更改。
两个版本的差异（即neo跟原作的差异)：
每一话的称呼是以"第X科目(X教科目)"。(原作是"第X堂课(X时间目)")
追加原作没有的"魔法学校毕业考"
卡摩在第一集就登场了。(原作是第3集)
明日菜知道魔法的时间点不同。
付有照片的学生名册是由图书馆4人组与刹那一起做的。
阿妮亚在3年级时转入。
明日菜是为了要躲避魔法世界的战乱才来到麻帆良学园的。(有将记忆封印)
菲特的设定跟原作完全不同，在魔法老师！？neo的故事里他是魔法世界里奥斯提亚国的王子。