4卷（连载中）
第Ⅰ卷
File.1 复活的怪盗------------------------TV 1 复活的怪盗
File.2 警官云集---------------------------TV 3 公主殿下爱魔术
File.3 装置了机关的心脏
File.4 怪盗基德忙碌的假日-------------TV 2 怪盗基德忙碌的约会
File.5 海盗船浮不起来
File.6 绯红的诱惑------------------------TV 4 魔女不流眼泪（部分剧情）
第Ⅱ卷
File.1 跟他绝交---------------------------TV 6 圣诞夜在恋爱的滑雪场
File.2 日本最不负责的总理
File.3 我是首领
File.4 不理解什么是大人----------------TV 4 魔女不流眼泪（部分剧情，TV 4 融合两话内容）
File.5 赌球少年
File.6 扮鬼游戏
初期未发表作品 桌球高手VS魔术师
第Ⅲ卷
File.1 星战
File.2 名侦探登场------------------------TV 7 华丽的宿敌（部分剧情）
File.3 眼皮底下的怪盗 -----------------TV 7 华丽的宿敌（部分剧情，MK 7 融合两话内容，并有动画原创情节）
File.4 红子的速递------------------------TV 9 魔女与侦探与怪盗
番外篇 铁剑VS快斗---------------------柯南OVA 1 柯南VS 基德VS铁剑！宝刀争夺大作战！（有改动），另有《魔术快斗》DVD版
File.5 蓝色生日--------------------------TV 5 命运的蓝色生日
File.6 绿之梦
第Ⅳ卷
File.1 基德与水晶之母------------------柯南OVA 4 柯南与基德与水晶之母（有改动）
File.2 红色之泪--------------------------TV 8 红色之泪的秘密
File.3 漆黑星辰（前篇）（或称为“江古田钟楼”卷）
File.4 漆黑星辰（后篇）---------------柯南TV 219 名侦探大集合！工藤新一VS怪盗基德（上半集），另外有《魔术快斗》DVD版《工藤新一VS怪盗基德》
File.5 黄金之眼（前篇）
File.6 黄金之眼（后篇）---------------TV 10 追忆的黄金之眼
File.7 暗黑骑士（前篇）（或称为“黑暗之卷”）
File.8 暗黑骑士（后篇）
附录（附录漫画&相关报道）
第Ⅴ卷（未发行单行本）
File.1 怪盗淑女之卷（前篇）
File.2 怪盗淑女之卷（后篇）