恐怖分子在教堂传播病毒，导致俄罗斯东部一座城市完全消失。同样的厄运即将降临日本，日本警察厅严阵以待，邀请18岁的天才黑客高木丸(三浦春马·三浦春马饰)帮忙参与。藤丸的父亲也是警察。他原本负责这个案子，但他因涉嫌过失杀人而被通缉。恐怖组织Mami·路原(吉濑美智子·吉濑美智子饰)以生物老师的身份进入藤丸所在的高中，监视藤丸。为了保护妹妹梅的生命，藤丸不得不答应恐怖组织的要求，将电厂管理员的密码窃取给对方。在百货公司，致命的Bloody-X病毒被怀疑是小丑传播的，警视厅出动全部人力拯救东京，差点害死所有人。幸好藤丸及时发现病毒是假的，虚惊一场。但是当大家都暂时松了口气的时候，恐怖组织已经开始迈出真正的第一步了。
血腥星期一是所有死去的人的遗言，也是最大的秘密和阴谋。