在小说中，主角具备操控原子和分子的能力是一个非常有趣的概念。这可能会涉及到科幻、奇幻、超级英雄或其他类型的故事。以下是一些可能符合要求的小说例子：
1. **《操控者》**：这是一部由詹姆斯·冈恩创作的科幻小说，主角具有操控物质的能力，可以改变原子和分子的排列，从而创造出各种效果。
2. **《分子人》**：这是一款基于漫威漫画的角色，他具有操纵分子的能力，进而可以影响他的形态、大小以及其他人或物体的分子结构。
3. **《原子之心》**：这是一款由 Moby Games 开发的动作冒险游戏，玩家需要操控原子和分子来解谜、探索和战斗。
4. **《原子之城》**：这是一部由伊恩·鲍尔丁所著的科幻小说，故事发生在一个由原子和分子构建的城市中，人们可以利用这些基本的构建单元来塑造自己的生活。
5. **《分子帝国》**：这是一部由大卫·布林所著的科幻小说系列，其中描述了一个名为“分子帝国”的虚构世界，在这个世界中，原子和分子的操控是日常生活的一部分。
6. **《元素周期表》**：这是一部由约瑟夫·安托万·费迪南德·福克所著的奇幻小说，主人公可以通过控制元素周期表中的元素来产生各种奇迹。
请注意，这些例子可能并不能完全满足“操控原子和分子的能力”，但它们提供了一些可能的设想和灵感。在实际创作中，这种能力可能需要进一步的限制或背景设定，以便更具故事性和趣味性。