高中侦探工藤新一和儿时的同学毛利兰一起去游乐园，目睹了黑衣人的可疑交易场景。工藤新一只偷看了一眼交易，没有理会从后面走近的另一个同伙。他被那个人下了毒，醒来的时候身体居然萎缩了。
如果那些家伙知道工藤新一还活着，他们不仅会失去生命，还会危及他们周围的人。在阿笠博士的建议下，他决定隐藏自己的身份。当小兰问起他的名字时，他把名字改成了江户川·柯南。为了收集关于那些家伙的信息，他呆在小兰的家里，他的父亲是一名侦探。
柯南的剧情介绍
黑组织早在半个世纪前就开始谋划一个大计划。宫野厚司和宫野·艾莲娜加入了黑人组织，参与了APTX4869的研究。之后，他们意外死亡，留下了他们的女儿宫野明美和宫野志保。智宝去美国留学，后回到日本继续研发APTX4869，代号雪莉。
组织杀手贝尔摩杀死了一名一直在调查该组织的美国联邦调查局特工，并放火烧他的家。特工的小女儿乔迪·斯塔林活了下来，受到她父亲同事的保护，长大后加入了美国联邦调查局。贝尔摩说的话一直给朱迪留下深刻印象。
女明星莎伦·温雅德和工藤有希子向魔术师黑羽盗一学习并成为朋友。在纽约，毛利兰遇到了追捕银发杀手的美国联邦调查局搜查官赤井秀一。