1927年他以雅号“京都下加茂”的名义创办了“吞平制作公司”， 并制作出《贝壳宫殿》。1930年，他制作并公映《猴之岛》，从此走上全职动画电影导演的道路。继之，在不到两年时间内他又完成了《城主和傻瓜阿八》、《海盗船》等作品，并于1932年在京都创办政冈电影制作所，步入真正的漫画电影制作阶段。濑尾光世等后来的动画中流砥柱都是他的门生。1937年政冈着手将当时漫画史上最优秀的作品《森林的妖精》改编成电影，因此他的“政冈电影制作所”曾经被评价为“日本的迪斯尼”。1937年7月7日，震惊中外的“卢沟桥事变”爆发。
1943年1月15日， 他所领导的松竹公司完成并公映了《蜘蛛和郁金香》。这是战争时期唯一一部不为军国主义做宣传的漫画电影，因而遭到军部的禁映令。政冈宪三于1945年10月和山本早苗、村田安司等其他动画家创立“新日本动画社”。11月，该社改组成日本漫画电影股份公司。1947年夏天，政冈离开该公司，又与山本一起创办日本动画股份公司，自任总裁，山本任董事长；1952年改称为日动电影股份公司，1953年后，实质上已经被东映公司收购。