艾伦目睹了人们和他的母亲被巨人吞噬，怀着对巨人难以名状的仇恨，发誓要杀死所有的巨人。柏林墙倒塌两年后，艾伦加入了104训练军团，学习与巨人战斗的技能。在训练军团的三年里，艾伦有着别人无法比拟的强大精神。即使已经亲眼见过地狱，依然勇于挑战巨人的艾伦如愿以偿，加入了期待已久的调查军团。
就在加入兵团的前一天，超级巨人突然再次出现，踢开了第二堵墙的门，无数巨人涌入。艾伦和其他人同时期训练士兵与他们战斗，但是艾伦为了救他最好的朋友艾敏而被巨人吞噬。而艾伦的另一个好朋友李三也陷入了被巨人包围的困境。这时，一个类似艾伦的巨人出现了，他救了李三。
事后发现，这个巨人确实是艾伦。为了保证艾伦的安全，他被送到调查小组Levelban接受监督。同时也证实了一些人类也可以成为巨人。
在一次墙外调查中，出现了一个有智慧的女巨人。调查团与它殊死搏斗，却让它逃脱了。
在艾敏的分析下，各种证据同时指向雅尼，一名受训士兵。艾伦在墙内与巨人雅尼搏斗，最终制服了雅尼，但雅尼用钻石将自己包围起来，以防信息泄露。同时发现“墙”是由巨人组成的，但原因牧师没有透露。
又是一天，与此同时，训练师赖纳和胡佛把艾伦叫到一边，澄清他们是超级巨人和装甲巨人，希望艾伦和他们一起走。艾伦拒绝，他们只好强行带走艾伦。与此同时，尤弥尔，一个巨大的人类(好与坏，两边倒)，也和他们一起离开了。为了夺回他们，侦查总队奋力争取，夺回了艾伦。在战斗中，一名士兵发现了一只猩猩巨人，它会说话，并从这名士兵手中拿走了三维移动设备进行研究。
这一波未平，又起。知道墙内秘密的尼克神父被杀了。虽然第一宪兵队说他是被别人打死的，但是侦查总队的支队长韩吉看到他是被刑讯逼供后打死的。他抓了相关军警，还带着处分问了结果——确实是第一个军警。
为了拯救全人类，调查团只能和国王开战。为了获得资金，指挥官和商会会长合作。但总统被第一宪兵队打死，又被侦查总队污蔑，使得侦查总队在群众中的印象很坏，想要所有的侦查总队成员。
在队长潜逃的过程中，第一宪兵队用“人用三维移动装置”对其进行追捕，最后离开。为了夺回在群众心目中的威信，看清了一切事实的总统儿子用诡计让第一宪兵队说出了真相，让群众化解了对调查团的误解。