《凉宫春日》简单点说就是：北高1年5班的一男生（绰号阿虚）被同班一女生凉宫春日（绰号团长）拉去组建了一个社团（SOS团），并另招了三人：外星人长门有希（绰号大萌神）、未来人朝比奈实玖瑠（绰号1096）、超能力少年古泉一树（绰号狗腿子），然后展开主线故事
01凉宫春日的忧郁：五人组成SOS团，除了团长凉宫一直忧郁外，其余三人相继向阿虚表露自己的身份，并阐述己方对“凉宫有神奇力量”的看法。凉宫的心结在闭锁空间，因阿虚的吻而解开。
02凉宫春日的烦闷：解决完忧郁的问题，凉宫要找些兴奋的事干，这部分由几个短篇组成，古泉出力不少成为副团长。需注意，阿虚通过朝比奈、长门的帮助，穿越回三年前的七夕之夜再回到现实世界，这为后续很多重大事件铺垫。
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除了SOS团五人为主外，还有一些角色参与他们的活动——阿虚线的谷口、国木田、虚妹、三味线，长门线的朝仓凉子、喜绿江美里，朝比奈线的朝比奈（大）、鹤屋，古泉线的新川、森园生、多丸圭一、多丸裕。
03凉宫春日的暴走：解决完烦闷的问题，凉宫的激情越来越高，带着SOS团把暑假玩得特别充实，时间一直在8月中下旬循环了15000多次，所以又名「漫无止境的八月」。需注意，长门因为记得每一次的细节，承载了太多“故障”为后面暴走铺垫。
04凉宫春日的叹息：玩完了暑假，凉宫的激情未尽，又准备起校园文化节，带着SOS团到处拍电影，朝比奈、长门、古泉扮演自己，又名「朝比奈实玖瑠的大冒险」。需注意，朝比奈被整得很惨，阿虚因此当着众人面与凉宫发生冲突，最终各退一步拍完电影。
05凉宫春日的动摇：拍完电影，凉宫又找了些兴奋的事干，这部分由几个短篇组成。需注意，在文化节结束时，凉宫的成长终于有了质变，从胡搞瞎搞变成要做对世界有意义的事。
06凉宫春日的消失：凉宫准备在SOS团办一个热闹的圣诞节，但长门积累的“故障”终于爆发，借凉宫的力量重构了世界，所以又名「长门有希的暴走」。阿虚不顾一切的要回到有凉宫有SOS团的世界，修正程序带他到了三年前的七夕之夜，又通过朝比奈（大）、长门（三年前）帮助，虽被朝仓刺杀，但成功修正世界，阿虚与凉宫的感情得到突破，长门得到原谅
已动画化的故事目前截止到消失，之后都是漫画内容。凉宫系列的番外动画《小长门有希的消失》是平行时空，延续的重构后世界，里面全都是普通人，文艺社团由长门、朝仓、阿虚、朝比奈、鹤屋五人组成，凉宫、古泉从外校混入，组成七人队伍，展开各种活动。
07凉宫春日的阴谋：修正世界后，SOS团成员陆续遇到对手，未来人朝比奈vs未来人藤原，超能力少年古泉vs超能力少女橘京子，外星人长门vs外星人周防九曜。
08凉宫春日的愤慨：从1年5班升为2年5班，由几个短篇组成，为即将到来的高潮做过渡。
09凉宫春日的分裂：在上一个高潮《消失》里已经出现名字并被国木田、谷口、朝仓隐约暗示的人终于登场——阿虚的挚友佐佐木，她是凉宫的同类，特立独行且能创造闭锁空间，并因此被橘京子、周防九曜、藤原找到组成“伪SOS团”。在两方人马聚齐且碰面后，现实世界被分裂为α、β两条并行线。
10凉宫春日的惊愕：与《分裂》紧密联系，α线里凉宫招募新团员，渡桥泰水脱颖而出，她与凉宫、阿虚、佐佐木都有很大的关联性，β线里佐佐木与阿虚的互动频繁，伪SOS团对长门下手，对SOS团用强，无视佐佐木的和平交涉。最终在佐佐木的锁闭空间里，渡桥把两条线的阿虚合二为一，引入已合二为一的古泉、朝比奈（大）。最后，阿虚救下凉宫，佐佐木与阿虚在车站告别。
11凉宫春日的直观：由几个短篇组成，经历了《惊愕》这样的大高潮故事，需要缓一缓。