第二，动画中一些角色的出场时间也发生了变化。比如少年侦探队的成员出现在动画1集，铃木园子的出场时间也提前了。但这也造成了矛盾:在1集，广彦等人认识了新一，但在192集，他们却说不认识新一。
第三，动画前期几乎每一集的片头都是以“××事件”的形式出现，这个片头从140集开始就很少使用了。
4.动画之初，因为“低龄化”的定位，制作组在动画中封杀了带有黑社会性质的黑组织，并对《新干线上的大爆炸》第五集和《奇异杀人》第13集的相关情节进行了修改，却造成了以下情节的不合理:
1，杜松子酒和伏特加出现在漫画《新干线事件》中，柯南通过窃听得知了它们的代号。[1]但在动画第五集里，改成了两个与组织无关的人——于是“知道他们的代号”改成了《迷雾狗传说杀人事件》第52集的片头标题柯南，他在独白里提到自己知道了他们的代号，但具体方式不详；
2.漫画《寻亲》中化名为“广田亚米”的宫野明美，最终被杜松子酒和伏特加所揭穿，并被他们暗杀。[2]动画第13集，刺客改为冲田，“广田雅美”的结局也是被警方逮捕——由于与海原爱出道有关的明美之死的故事无法与后面的故事衔接，动画制作组在海原爱出道前制作了第128集“抢劫黑组织10亿元”，并在这一集补上了明。而且因为明美之死在动画中被改编，所以漫画中灰色平原出现的情节也推迟了(明美出现在漫画第二卷，灰色原理出现在漫画18)。作者青山刚昌创造了服部平次这个角色来代替不能出场的足原，成为柯南的对手。[3]
考虑到剧情关联的因素，动画中后期黑组织的剧情不再是禁忌。
动画《绑架现场的特定事件》第86集和113集《白沙滩上的杀戮》改编自名侦探柯南的特别漫画，并非原著漫画。
动画第219集《名侦探！工藤新一vs黑场海东的第一个故事《钟楼对决》，改编自《魔斗》第4卷《暗星》，而非《名侦探柯南》，这是柯南动画集中唯一一个改编自其他漫画作品的故事。这导致了动画中对黑玉快豆(二代黑藤黑羽的真实身份)等人日常生活的正面描述。事实上，柯南从未描述过第二代黑羽快斗的真实身份，只指出第一代黑羽快斗是黑羽盗一。
漫画Vol.57 File.8《逃亡者》并没有被改编成正式的电视版，只是和OP 23中的故事相似，后来被改编成M 18的发行，以纪念SP的《逃亡者毛利小五郎》(NOTTV移动电视播出)和2015新年SP《毛利小五郎新年快乐》。
因为版权问题，漫画《吹口哨的人连环杀人案》中犯人扮演的披头士“随它去吧”的名字被完全隐藏在动画533~535的台词中。
注:动画第585集出现了“第二学期”的字样，表示柯南已经升入高一第二学期(注意不是高二。日本学校一年有三个学期。到目前为止，漫画中还没有类似的情节和叙述。
考虑到观看动画的主体是未成年人，动画中死者的血液由红色改为黑色。动画的中后期，死者的眼睛在原著中是由睁着变成闭着的，没有死者脸部的特写。在此之前，有一个尖叫的警告，“尸体”一词被一个更中性的词“遗体”所取代。(这种现象前期在一些片场出现过，后期比较常见。)
动画中还修改了一些对“裸裙”的不当描述，“情色男”改名为“漂浮男”。在第230集，暗示金和贝尔摩有肉体关系的暧昧对话也被删掉了。
在第622集动画《紧急252(第一部)》中，考虑到“3.11”地震灾害中人们的心情问题，动画制作团队也删除了原著中关于地震的描述。
Ps:目前柯南已经更新到778个消失在海市蜃楼里的天使(原创动画)。
《779猩红》前言(2015年5月30日播出)B/F
780追求吓人的颜色(2065 438+05 . 6 . 6播出)B/F(这是联络主线的章节，我也在线等)