X战记讲述的是“命运”的故事。预言家丁公主看见了地球的未来，天龙地龙之战即将展开，地球的命运掌握在一个叫司狼神威的男孩身上。若他决定成为破坏一切，象征“改革”的天龙，地球将落入万劫不复的深渊；若他成为象征“保护”的地龙，地球将安然无恙的度过它的每一天。其实故事应该在神威决定成为地龙的那一天就结束了，谁知当他下定决心之时，残酷的命运就开始了，原来无论他决定成为天龙还是地龙，他的好友桃生封真都会作为他的双子星成为另一个天龙或是地龙。于是作为地龙的神威和作为天龙的封真开始了命运的对决。最初的神威因无法面对在自己眼前杀死小鸟的封真（小鸟是封真的妹妹，也是神威喜欢的人），将自己的心封闭，与世隔绝。在地龙一行人的努力下，他又重新找回自我，开始寻找改变命运的方法。
由于X战记是以1999年的人类大劫难的预言为题材，当这个预言化为泡沫消失的时候也就注定了这部作品灰不了了之，后来就停止连载了。如果硬要说结局的话，在TV版里神威牺牲了自己拯救了地球，而在剧场版里两派最终厮杀至剩下神威一人，抱着被自己砍下的封真的头颅在漫天飞舞的樱花中痛哭失声...