想必整个刺杀帕克斯顿的计划其实是一个精心制作的实战实验，目的是提高你的作战能力，让你适应敌对环境下的军事行动。结尾，吉纳维芙和神秘“参议员”的一段对话强烈暗示了这种猜测。谈话中，吉纳维芙声称“第一原型”实验非常成功，这意味着你可能只是计划中的一个傀儡。恐惧的老队员，光头下面张着嘴，对新人没有信心。在Demo中，他认为你因为没有经验而被派去执行单一任务是不合适的；在官方版本中，他对你的不信任还在继续。从无意中听到的和金的对话中，你可以知道在你身边感到很不自然，有一种被看穿的感觉。这是揭示主角拥有某种超能力的第一集，游戏的结尾也证实了扬科夫斯基的直觉是正确的。随着比赛的进行，扬科夫斯基再也没有出现，他的队员被屠杀成一堆白骨。
虽然扬科夫斯基没有再次出现，但据估计，他是在南河废水处理厂追踪帕克斯顿的信号时遇害的。因为他已经多次以鬼魂的身份出现，包括在Armacham大楼检测到的生命信号，他其实只是一个鬼魂。或者也许这一切只是帕克斯顿或阿尔玛，用他的形象来吓唬主角，暗示主角可能会像扬科夫斯基一样死去。
有人认为扬科夫斯基可能是主角的父亲，也就是最初提供精子的特种部队成员。原因是他曾经说过主角的眼神很奇怪，一直以愤青的形象出现。这些都可以用父子间的心灵感应和他对自己行为的懊悔来解释。Armacham科技公司Origin项目的产品，他通过心灵感应指挥整个克隆人部队——一群训练有素、武装精良的超级士兵。整个控制系统起源于美国国防部赞助的一个代号为“珀尔修斯”的项目。然而，士兵仍然依靠对话和交流。
帕克斯顿是食人族，他吞食受害者残肢的行为在游戏中多次出现。他的行为不是为了营养的供给，而是为了他人的记忆。黑马漫画(美国最大的独立漫画出版商之一)与游戏DVD同步出版的刊物中提到了这一点。
在被阿尔玛释放之前，他跪在阿玛查姆的牢房里。根据漫画和游戏的早期内容，阿尔玛控制了帕克斯顿的意志，并“展示”了阿玛查姆对她造成的各种痛苦伤害，以及应该为此负责的人。帕克斯顿喃喃自语中的“他们”是所有与起源工程有关的人。然后帕克斯顿利用他的精神能力继续制造各种幻觉。
在故事接近尾声时，人们发现阿尔玛实际上是他的母亲。阿尔玛让他带领克隆人士兵造反，其实是为了让他们最终找到存放阿尔玛尸体的容器，释放她。帕克斯顿最终被地下基地的主角杀死。
值得注意的是，他是主角的弟弟而不是哥哥，是因为主角没有控制克隆人士兵的能力而被制造出来的。所以他比主角年轻。一位上了年纪的科学家和他的女儿爱丽丝·韦德(Alice Wade)一起受雇于Armacham公司，在该公司工作多年，领导了整个Origin项目。讽刺的是，他也是下令关闭整个计划的人。他就是那个刚开始对主角说“你会是人类中的神”的人，告诉他主角是起源计划下产生的“第一个原型”。当哈兰得知阿玛查姆决定重开起源试验基地时，他被激怒了。当他最终得知整个基地将被摧毁时，他决定释放阿尔玛，并问道:“你不认为她已经受够了吗？”
虽然游戏没有说明阿尔玛和哈兰的关系，但是从阿尔玛和哈兰同姓来看，哈兰很可能是阿尔玛的父亲。当这个神秘人物意识到阿尔玛的痛苦时，已经无法知道她有多内疚。他瞬间被从集装箱里出来的阿尔玛打死，只剩下一堆骨头。但他似乎无意逃避死亡，就像他之前说的“制造怪物是人的本性，毁灭他的制造者是怪物的本性。”哈兰·韦德的女儿也是阿玛查姆的员工。她属于一个专门分析净水厂污染物的部门，因为Armacham担心位于Origin laboratory下游的净水厂会因为河流污染而被追溯到整个计划。爱丽丝有飞行恐惧症，后来被帕克斯顿俘虏并杀害，身体的一部分被帕克斯顿吞食。
爱丽丝被描述成一个没有耐心的人。目前接机的UH-60黑鹰直升机被克隆人士兵的米-24击落后，她仓惶出逃，毫无还手之力，最终落入帕克斯顿手中。Armacham也是一名员工，负责调查过去十年奥本地区报道的各种干扰。
在游戏中，毕晓普被帕克斯顿的部队扣为人质，等待帕克斯顿向自己“拷问”Origin高级研究员哈兰·韦德(Harlan Wade)的下落。当主角发现他时，他显然受到了折磨，并被绑上了C4炸弹。但炸弹很快被随后赶到的三角洲部队·道格拉斯·霍利迪拆除了。Armacham员工，一个胖子，也是克隆人士兵枪下的唯一幸存者。主角第一次见到他，他要求主角关闭安全系统，以换取他帮助重置网络服务器。但就在安全系统关闭后，Mapes食言了，试图通过启动全公司的自动炮塔来延迟和阻止主角的行动。
不知什么原因，梅普斯对总统吉纳维芙非常忠诚。在游戏的最后，他听从吉纳维芙的命令，试图摧毁所有关于珀尔修斯和起源计划的信息，甚至是整个基地。但就在他准备进入集装箱时，被哈兰开枪击中，重伤倒地。
Mapes似乎喜欢吃一种名为Cheezee Pooz的虚构零食，并对自己的RTFM皮带扣充满自豪。同时，我害怕爱丽丝·韦德对他的“性骚扰”采取法律行动。阿尔玛的身份和神秘是整个F.E.A.R .的核心，直到游戏结束才揭晓。她以一个八岁小女孩的身份出现，穿着一条红色的裙子，长长的黑发几乎遮住了她苍白的脸。她的阴魂不散甚至让人怀疑她看到的是真人还是幻觉。显然，她与帕克斯顿·费特尔关系密切，她悄悄告诉帕克斯顿，并释放了他，让帕克斯顿开始了他的复仇计划。
阿尔玛在游戏过程中频繁出现，但大多是擦肩而过:要么伴随着极其血腥暴力的场景，要么在耳边窃窃私语，谈笑风生。没有办法知道阿尔玛到底有多厉害。她可以瞬间蒸发人的身体，只留下骨头和一滩血。阿尔玛从容器里出来后，似乎可以制造一些鬼魂来攻击主角，但这些也可能只是假象。不过考虑到阿尔玛强大的精神，她可能真的有能力在没有容器的阻隔下，将精神力量转化为物质力量，从冰冻和昏迷中醒来。阿尔玛，姓韦德，很可能是项目负责人哈兰·韦德的女儿。她坚强的精神似乎对人的负面情绪极其敏感，这让她从小就极其痛苦。
哈伦一手创建了Origin项目，利用基因科学制造超灵，可能用于军事目的。该计划原本是想通过精神强大的母亲的子宫培育出一个转基因胚胎，目前已经达到了最好的效果。阿尔玛在8岁时被选为母亲；15岁的时候，她怀孕了，生下了“第一个实验原型”，也就是主角自己，第二个孩子是帕克斯顿·费特勒。
根据阿玛查姆的记录，帕克斯顿在十岁的时候有过一次“同步性事件”。这一事件的具体记录是不祥的。很可能是阿尔玛超越了昏迷，直接与帕克斯顿心灵感应，有意无意地控制帕克斯顿杀死了几个人。随后，整个Origin项目被终止，Alma被放进一个“容器”并被密封，生命支持系统被关闭，6天后Alma去世。
就在比赛前，吉纳维芙下令重开起源工程，让阿尔玛的灵魂得到释放，帕克斯顿再次被控制。此时，帕克斯顿已经是国防部珀尔修斯计划中克隆人士兵的精神领袖。他立即展开了复仇计划，杀死了所有与缘起有关的人员，正如他所说:“他们该死，他们都该死！”
当哈兰重新打开容器，释放阿尔玛时，阿尔玛全身赤裸，骨瘦如柴，这大概就是她15岁时的模样。哈兰瞬间被蒸发，随后主角引发基地大爆炸，幸免于难，被恐惧的队友救出。就在直升机盘旋在蘑菇云上空的时候，突然传来一声金属扭曲的巨响，紧接着就是声音。就在字幕出现之前，可怕的阿尔玛竟然试图从直升机底部爬上来！看来阿尔玛不安的灵魂还有未竟的事业。