黑衣组织是一个笼罩在神秘色彩中的跨国犯罪组织。江户川柯南称其为“乌鸦军团”。工藤新一就是因为被该组织成员琴酒灌下药物APTX4869而导致身体缩小，开始了整个故事。黑衣组织成立的目的，最初还是在药品的研究，在随后几十年的变迁了，逐渐演变成黑暗势力，成为跨国的犯罪集团，大概是目的实现了，犯罪就成为了主要业务。
APTX4869的主要作用是诱导程序性细胞死亡，同时强化端粒酶的活性，从而增加细胞的增值能力。因为这个药物暂时还在研发阶段，无法保证药性，所以一般情况下会导致服用者死亡。但新一和雪莉却是特例，因为细胞自我破坏程序的偶然作用。之前，组织也研究过一种药物，吃了之后确实可以使人一直保持在年轻，精力充沛的状态，这个人就是贝尔摩得。但是这个药物也失败了。因为虽然这个药可以使人一直保持在最年轻力胜的状态，但是需要定时的服用这种药，要不然人体就会因为消耗过度而死亡。
组织研究药物也不是什么特殊用途，就是为了方便自己的成员暗杀使用，另外就是为了卖钱，然后意外的发明了柯南、灰原哀吃下去的这种“特殊药物”这都是在巧合下发明出来地。让我们先注意一下灰原说过的一句话“工藤，你还不知道吧，组织跟半世纪前的计划就有关系”。这句话意味着该组织的历史非常长。从时间上推算，灰原说这句话大概在1995-1996年左右（按照柯南世界的时间）。
根据漫画第1008话的信息，可以视为原作者青山刚昌亲自确定了，黑衣组织的幕后首脑是乌丸莲耶。漫画1011话，安室透对灰原哀母亲宫野艾琳娜的回忆中，也揭示了当初宫野夫妇是接受了乌丸集团的邀请加入研究。所以，黑衣组织的BOSS也就是乌丸莲耶。