虽然Seele和钱杜源都有自己的计划，但最后的阶段是相同的:人类的灵魂是完整的。真智在第一部手机上看到的画面，不仅仅是虚幻的体验，更是人的灵魂的交融。在修补开始之前，出现了看似突兀的一幕:真芝和明日香在马来西亚的餐厅Miri发生了争执，然后真芝第一次勒死了明日香。这既是真智自己当初的记忆体验，也是明日香与他的心融为一体的记忆体验。
当真治可怜巴巴地向躺在桌子上的明日香求助(“救救我”)时，明日香不仅冷冷地拒绝了他，还突然把他推倒。
明日香(看着倒地的真治):“真的很难过”(哀悼)
真由(攻击掀桌子砸板凳):“救救我！不要杀我！”
而此时明日香的回答有一个非常值得进一步探讨的细节。在上映时和之后上映的Renew DVD的剧场版中，明日香说“不要”；与电视版一同发布的视频版中，这里没有明日香的声音，而是白底黑字印着“不要”。安野监督的意图很可能是表明，明日香在这里并没有拒绝，只是真正理解了。“以为”明日香拒绝了他的帮助后，真治开始掐明日香的脖子说:“我们都一起死吧。”《来吧，甜蜜的死亡》这首歌响起，唱完。真智和绫波丽开始了推心置腹的对话；而地面上的个体生命无法维持现有的形式...
这里，从真治的想法来看，动机是他心里不想被明日香拒绝，所以他会在明日香以一种相当粗暴的方式对待自己后，通过锁喉来阻止她的行动——此时，他确信明日香不会反抗，这也是明日香的想法在内心融合中的一种体现。
从明日香的角度来看，她的“真的难过”不仅是同情为杀死朱逊而感到愧疚的朱桢，也是同情屡遭挫折而精神崩溃的自己——跟不上伊娃的步伐，离家出走，信心恢复(对抗量产机)后再次遭遇惨败，其痛苦和难过不亚于朱桢。所谓的修补只是一种心与心的接触，所以在修补之初，明日香就体会到了信二的心情，明日香的心情也反映在了信二的心里——明日香解放了自己的绝对领域，也解放了自己对信二的同情，这种同情从来没有表达过。这种同病相怜，不是一个有“心墙”的社会中人与人之间的普通交往方式，而是真芝、明日香这种有缺陷的人与人之间的变态交往方式。只有这样，他们才能在层层保护下了解对方的内心世界。
本来阿特菲尔德的“绝对境界”在故事的大部分章节里只是一个纯粹的物理攻击盾。第24句，朱逊把绝对领域称为“心之墙”后，从战斗中的铠甲变成了作品内在层面的钥匙[1]，作品的主题和方向也发生了很大的变化。从塞勒和杜源的“完成计划”来看，首先是“人类会进化”，然后需要完成的是人类作为单一个体的脆弱的绝对领域(与单一生命的使徒们相比，人类的ATfield实在是微不足道)；即使人类联合起来对敌，也改变不了个体脆弱的事实。而且人类一旦过上群居生活，太强的绝对区域会互相伤害，反而会削弱自己的力量。就像EVA的控制一样，即使是由有资格的人操纵，也难免会有约束，但实际上在EVA逃跑(变成单身生活)的时候是最强大的。对于人类来说，如何处理“绝对境界”是一个两难的问题:绝对境界维系着人类个体的存在(一旦失去就会变成LCL)，绝对境界会给彼此带来伤害。所谓人类完成计划，就是对这样一个困境给出一个看似圆满的解决方案——将所有个体个体整合到号角机器中成为一个强大的单一生命——使徒18。双方唯一的区别是，Seele要让人类灭亡，才能实现融合，而袁媛更愿意跳过这血腥的一步，让它与独一无二的灵魂永存。所以“人类完成计划”不仅仅是为了对抗使徒这样的不共戴天的敌人，也是为了避免人类受到伤害。
然而，这不正是害怕伤害自己的朱桢所希望的世界吗？可以治愈，但是在XX完成过程中的场景里，有这样一个问答——
绫波丽(莉莉斯):“这是你想要的世界吗？”
真智:“不，我不这么认为……”
可见，真智虽然向往单身者的存在，但也想生活在一个有别人存在的世界里。即使他会再次面对别人的绝对场，他也会再次体会到自己对它的恐惧——阿特菲尔德全称“绝对恐怖场”，是“绝对恐惧场”，指的是人类在近距离接触时感受到的恐惧，被称为“深不可测的人心”。【2】比起面对外敌(使徒)的恐惧，人与人之间的互相恐惧更可怕。盟军进攻内尔夫时，钱说“人类的敌人终究还是人类”，就是这个意思。其实，钱杜源本人和明日香一样，也是一个脆弱的处理不好人际关系的人，也曾封闭自己的内心浑浑噩噩地活着。
当明日香重新振作精神驾驶战国联军二号机时，他大声喊道:“我明白了，妈妈，绝对领域的真正含义！它在守护着我！”这个时候，因为她觉得妈妈是在从2号机释放绝对场来保护女儿，所以对于明日香来说，ATfield不仅带来了伤害，还有作为保护层的积极意义。她一直是一个固执地和阿特菲尔德一起保护自己另一面的支持者。即使在她落魄的时候(告诉董慕光她讨厌所有人，最讨厌自己)，她依然坚信躲在绝对领域后能找回自己。所以，当弱小的真嗣最终选择了绝对境界的世界，拒绝弥补的时候，明日香也以自己的方式表现出了拒绝弥补的选择。至于明日香，在剧场版中第一次被真嗣掐死的时候，他放弃了阿特菲尔德，放弃了反抗，这也意味着真嗣被留下来决定是否遵从莉莉斯的意愿来弥补。之后真嗣选择了否定“完成”。
下一步是分析绫波丽的角色，另一个关键人物，也是戏剧版中最悲剧的人物。从完成计划本身来看，第一使徒亚当作为使徒体系的根本，试图通过使徒一方发动第三次冲击；第二使徒莉莉斯作为人类的母亲，希望通过人类发动第三次冲击。绫波丽拥有莉莉斯的灵魂，掌握着人类命运的决定权。于是杜源会想尽办法控制绫波丽，试图将胎儿亚当送入她的体内，这样通过亚当和莉莉斯的融合，他就可以避免第三次冲击的“灭绝”，完成自己的完成计划(完成计划的实施方法见上)。杜源认为一无所有的绫波丽会绝对服从作为“亲戚”的自己。结果她的背叛和反抗让他功亏一篑。当他忽略它时，绫波丽已经逐渐形成了作为个体的“自我意识”，不再是受他控制的玩偶...
第三次冲击开始了。无数绿色的十字架覆盖地面，象征着无数人类的灵魂(见EVA副刊2中的故事解答)，被黑色的月亮吞噬(莉莉斯的蛋，GeoFront)。但是当郑智拒绝修补它时，十字架离开了地面，莉莉斯的蛋破了，红色的颗粒掉回了地面，卡夫门关上了。莉莉斯(绫波丽)，完成了他的使命，有一个破碎的身体。
在黑底白字的“最后一场:我需要你”的提示之后，展现在观众面前的是人体和明日香的真实治理的复原，躺在红色的LCL海滨。在远处莉莉斯的头被劈成两半的背景下，真治能看见那个穿着校服的美丽身影在LCL的海面上一时间闪烁不定；又回来，真治开始掐着明日香的脖子静静地躺着。
动机是什么？经过上面的讨论，或许在这里可以提出，真嗣想要的不是那个打了补丁的世界——他其实根本不想那样。他想要的只是被明日香接受——喜欢？是在寻求安慰吗？求理解？寻求保护？简而言之，此时真智的行为，就是当初那一幕的“因”所导致的“果”。被明日香粗暴拒绝，他武断地选择开始弥补(“让我们一起下地狱吧”，可以理解为赌气)，然后又半途而废，选择拒绝。[3]
至于信二为什么会在这个时刻掐着明日香的脖子，我们不妨从之前想象的发生在马来西亚美里家的这一幕来了解一下——信二所认为的明日香“接受自己”的证明，就是她“不反抗”的表现，所以这个时候，我也觉得只有这样才能试探明日香对自己的态度。果然，明日香还是没有拒绝(之前的想象是灵魂融合的记忆，这样的“经历”对明日香来说也是经历过的)，但他也用手轻轻抚摸着真治的脸。这不就是真嗣想要的吗？
然而，真嗣哭了——他难过的是，放弃和修补之后，他想要的依然不是心能直接交流的世界。一切都不能重来，但他发现和明日香的交流还是在原地——一方面是同情引起的不反抗，一方面是以粗暴侵犯的方式表达心意——这不是一个正常独立的“人”应有的交流方式。这里有一个有趣的幕后故事。l997年夏天，真智的声优绪方惠美在一次电台采访中提到，在配这部戏的时候，ng多次对安野的监督不满。最后，她亲手把明日香的声优段丽阳·宫村推倒在地，压着她，真的流着泪结束了这一幕。就在这时，安业的监工说:“这里该哭的不是真智，是我。”[4]
这也可以印证本书《空白容器》一文提出，真智作为整个故事中的主角，“根本没有成长”。
但即使如此，庵野秀明也没有把事情做完。他还是留下了一个“希望”——明日香左眼和右手上的绷带和电视版第一句里李缠的一样。而且，绷带从一开始就是作为李的象征性特征而存在的，李还拥有人类之母的灵魂；在这里，绷带元素被送给了明日香，这不仅代表了她与零的联系，也暗示了她将成为人类的新母亲。信治在掐住明日香的脖子之前看到了绫波丽，希望这种希望转移到日香身上，安全离开，就像电视版第一句话里的信治刚刚来到第三个新东京，也看到了穿着校服的人同样的幻影回声。那不是第三次，也不是第二次，而是莉莉斯唯一一次用自己的力量展示自己的身体去迎接真嗣。[5]
如果我们进一步联系前面的伏笔[6]，绫波丽已经暗示他将把“母亲”的希望留给明日香。李的灵魂来自人类之母，她的身体来自真智之母。但她作为人是没有生孩子的可能的——贞芝看到李拧破布时“像妈妈一样的感觉”而脸红的事实，以及14句独白中的“不流血的女人”都是证明。所以在电视版的第22句话里，明日香经期在卫生间抱怨“为什么女人要受这种罪？我以后再也不要孩子了！”李看到后，会对电梯里沉默的明日香说以下的话——
李:“你不能敞开心扉，伊娃就动不了。”明天好(马上反驳):“你是说那个娃娃？”
后来看着修好的二号机，明日香也沮丧地说:“你是我的娃娃。如果你要我搬家，就照做。”。这显然是对李判刑的一种逆反心理。李想给明日香发个信息，但是她没有理会李的建议。所以直到剧场版，明日香都开不好EVA，甚至出现了无法控制的情况。事实上，在电梯里，李其实给了明日香一个“成为母亲的可能性”的暗示，用剧场版的最后一个绷带，在这个故事的结尾把自己作为母亲的“象征”和“现实”托付给了明日香。当真嗣拒绝改过并回到现实世界时，他问绫波丽和朱逊:
真智:“...你在我心里是什么？”
绫波丽:“是希望。也许(后来)人们能互相理解(活下去)”(我希望)。人不相识，又不相识，又不相识，又不相识，又不相识，又不相识。)
朱逊:“喜欢什么的。”(好了，我们来说说吧。)
真智:“但这些都是虚伪。都是我一厢情愿，想当然。不可能一直这样。”总有一天我会被(别人)背叛和抛弃。但是我想再见面(和这样的人)，因为我当时的感觉是...真实的。”(参见だけどそれは).分了，你就比别人强。请不要担心，不要担心。ずっとあくはずぃんだ.不，不是的。不是的。不是的。我不想见到你。でも的仆人はもぅ曾经想过这件事。そののちはとだとぅから.)
所以最后一场明日香的绷带是“希望”的象征。只是明日香接下来的举动说明，这样的“希望”并不是“真正的希望”。因为只有同情不是真治想要“被明日香接受”的——他泪流满面，就在全剧结束前，剧场里响起了明日香《新生》的第一声:“恶心。”（気ち悪ぃ)据绪方惠美后来接受电台采访时说，这句台词的原剧本是“我不想被你打死！”(日本播出的《最后的伊娃》特辑)，安野在这里想抛开真嗣的处境，只想用一句个性很强的台词来恶心观众。但后来段丽阳宫村在配音前看画面的时候，不经意地抱怨“恶心”被庵野秀明听到了，他觉得更适合“攻击”观众，就改成了我们看到的样子。而且，也在呼应“你舒服吗？”那种在电影拍摄完成前，观众在电影院等待影片播放后出现的实拍画面。(有什么意义？)。因为在修补开始后，真嗣沉浸在一种失去自我的感觉中，非常“开心”。与当时的情况相比，现在的情况无疑是一个鲜明的对比。而且，“恶心”这句话也是真嗣第一次去LCL时说的。可以说是这个故事中的一句台词，象征着踏出新的世界，开始新的故事。【7】就像基尔最后说的“开始和结束在同一个地方”一样，“伊娃”的结束也是一次新世界之旅的开始，是一个新故事的序言。