或许除了喜欢大蛇丸这种反派的粉丝，很多人，包括漫画里的一些角色，对他更多的是恐惧和厌恶的感觉。而二代冷酷的性格让他在漫画中被一些人所畏惧，但更多的还是崇拜和敬佩。大家之所以不喜欢大蛇丸，不仅仅是因为他很强，还因为他学的是禁术。
而且这两个人研究禁术的本质目的是不一样的。第二代学习战国时期的禁术。当时大家还在各自为战，需要开发一些杀伤力更强的新耐力技术。他的目的更多的是保护自己的人，让自己的人尽可能的活下来，以便杀死敌人。当时的环境注定需要这样的致命耐力。而且那个时候二代的身份比较高，做事有一定的自主权。
大蛇丸对忍术的研究是基于他自己的兴趣，那已经是一个和平的时代了。大蛇丸选择了建立自己的权力，也站在了最初支持他的三代政敌一边。最重要的是，这些在当时是被禁止的，大蛇丸明知故犯的行为没有做好。此外，他还进行人体实验。所以这两个人的待遇肯定不一样！