这部漫画的结局，主流观点是烂尾了。
可能是作者想弃坑了，和编辑部那边协商一致后的结果。
但我觉得，也并没有到很多人说的看不懂、不知所云的程度，只不过没有给出大家想看的或者说满意的结局罢了。
作者要交代的事情，其实基本已经交代清楚了。按照我自己的理解梳理一下：
ZQN应该属于一种病毒，这种病毒可能来自于外星文明，或者某种生物实验，这点漫画里只是提出一种假说，并没有确证。当然这是可以理解的，毕竟人类文明已经崩溃，没办法去求证了。
ZQN病毒之所以和一般丧尸漫画作品有分别，是因为它是带有明显目的性的。它对人类的影响，不止是单纯的破坏，而是一种改造、或者说进化。目的是把原本单个个体组成松散社会形态的人类整合起来，成为一种无论身体上还是精神上都完全融为一体的新生命体。作者用蜜蜂或者蚂蚁这种高度社会化的动物类比，把它称之为“巢”，就是最后在东京出现的那个巨大的人形体。
全世界不止一个巢，在日本以外的地区都出现了巢。而被感染后没有失去意志同时获得超人能力的个别人——也就是来栖，我个人认为就是类似巢主的存在。ZQN不但不会攻击巢主，反而会保护并且听令于他们，作者也确实在书里用“蜂后”来形容这类人。至于说巢主是不是真的像蜂后一样是用来繁衍的，这点无法确证，只是书中人物的一种假设。但我个人倾向于不是，因为作者很明确地指出，巢是超越人类原有生命体的新的进化形态，是超越了生老病死的存在。证据就是，大妈一度被四个来栖组成的超级巢吞噬，但当来栖之一的KORORI组女生说服其他三个来栖要拯救人类的时候，大妈被吐出来，然后变成了年轻的身体！说明巢确实具有使细胞再生，使肉体永生不灭的能力。众所周知，物种繁衍是因为个体的生命是有极限的，既然能超越生死，也就不再需要繁衍了。
但有一点是肯定的，巢虽然是很多ZQN组成并且***享感官和记忆，但巢的意志主要取决于来栖的意志。所以当英雄攻击巢的时候，作为巢主的比吕美才会说出“你为什么要向我开枪”这样的话。而当比吕美仇视英雄的时候，巢就开始无视其他ZQN的意志攻击英雄。比吕美最终清醒过来后，巢又由原本的攻击，变为了保护并拯救英雄。
所以，是的，英雄夺回比吕美的计划，根本没有成功的可能，最终也确实以失败告终。所以260话里，最后孤独一人的他才会自言自语说出“女高中生最麻烦了，只不过做了一次就会纠缠不休，绝不能和女高中生扯上关系”这种话。他应该是很悲伤的，但他只能用这种带有点自欺欺人和逃避的心态去面对失去爱人的痛苦。
女主角没救出来，男主角孤单一人生活在末世。这样的结果，显然不是读者想看到的，所以被骂也就是情理之中的事。
但我觉得这个结局，很现实，很点题。请叫我英雄，什么是英雄？心想事成，无所畏惧的不叫英雄。像铃木英雄这样，一辈子庸庸碌碌，找借口逃避责任的宅。但是在面临危机的时候，在有人需要依靠他的时候，他没有退缩。在温泉的时候他完全可以自己选择逃跑，也可以不去救被巢吞噬的比吕美（实际上他很多次都想过放弃），但他最后还是战胜自己的恐惧、懦弱，克服恐高症和臆想症，勇敢和大量的ZQN以及巢作战。结尾的那个英雄，和一开始的那个宅男漫画家作者，已经判若两人了。最后即使失败，即使孤单一人，他还是选择活下去，还活得挺好。
一个人一辈子，能鼓起一次勇气，去干一件大事，无论最后成功还是失败，他就是英雄。一个人能直面自己的人生，不逃避不自欺，他就是英雄。恐怕这就是作者想表达的主题吧。