《女神宿舍的管理者》讲述了由于家里的一场火灾和一个不负责任的父亲，年仅12岁的南云小石一夜之间变得无家可归，身无分文，无依无靠。
故事背景
房子烧了，爸爸失踪了，也没有积蓄。南云，初中男生，一个人在城里走着走着就晕倒了。偶然相遇的女大学生和智敏儿向他提出，让小石去她住的大学宿舍当管理员。
在女生宿舍里，我们遇到了对男人毫无耐心的超纯女生Saotome Yadianna，害羞就打架就笑的武侠少女Chiliye，喜欢让人COSPLAY的失控少女COSER Frey，穿着运动裤的懒姑娘塞勒涅，还有正在做奇怪实验的疯狂科学家和矿工。都是独一无二独立的美少女。