可以让宠物进化。对六尾使用，使其进化为九尾。对卡蒂狗使用，使其进化为风速狗。对伊布使用，使其进化为火精灵。
在游戏中，玩家将操作一位宝可梦训练家来游历丰缘地区、战胜8位道馆训练家并挑战四天王及冠军。
除了保留原版中新引入的宝可梦外。游戏还新增了《宝可梦》主系列第一世代和第二世代中的部分宝可梦、引入了烈空坐的剧情、加入了通关后的对战开拓区等内容供玩家游玩。
《宝可梦绿宝石》的故事设定在与前作关都地区和城都地区有一定距离的丰缘地区，其设计基于日本的九州岛和九州地方，然而相比其原型旋转了90°，因为增田顺一感到此举会带来更好的游戏平衡。
丰缘地区包含了九座城市、六座城镇和多个景点，彼此之间以道路互相连接。增田顺一声明地名来自汉字“豊縁”，意为丰缘地区是个有“丰富缘分”的场所，表示人与宝可梦关系的主题。