游戏有一条主线:樱花线，灵仙线，军刀线。
动画是军刀线
以下是对剧情的完整介绍。
FateStayNight的故事结构很有意思。三个故事在逻辑上是连续的，但实际上是时间上平行的三个故事。它从一开始就显示了三种可能的结果。所以你可以看到故事二里一些很优秀的家伙在故事三开头就死了，故事一里一些很不好的敌人在故事二里成了真诚的朋友……但正是这种反差，才显示出故事本身的魅力和作者对剧情的掌控能力，不是吗？
只有聚集七个巫师的力量才能召唤出圣杯，但是圣杯只能完成一个人的愿望。于是订立了一个不成文的盟约，七个最强的巫师带领各自召唤的精灵为圣杯的所有权而战。最终生存下来的胜利者将获得圣杯的所有权。
60年的圣杯战争即将到来。只知道基本强化魔法的主角龚伟·施琅对此一无所知。战争在夜色中悄然开始，幕后的参赛者开始清除各种竞赛障碍，包括只懂一点魔法的外人。凌影·兰瑟跟踪施琅到了他家，但就在他准备杀死他的时候，施琅唤醒了凌影·萨伯，并在一些偶然因素下击退了兰瑟。
——自此，合同正式成立。施琅成为了剑术大师，并卷入了充满死亡的圣杯战争。
1stStory:缘分:缘分:缘分驻留。
为了报答这份恩情，因施琅指挥不慎而躲过Saber一剑的远坂凛，决定向菜鸟魔术师韦公石郎一一讲解魔法知识。读者还可以了解到整个游戏所依赖的基本设置。全篇以Saber(女版亚瑟王...)为中心人物，讲述了一个血淋淋的故事，安排了一个关于Saber的悲情爱情故事。在故事的结尾，远坂凛和阿彻为掩护施琅和赛博逃跑而被狂战士杀死。最后，在“爱”和“血”的召唤下，施琅投射出亚瑟王的黄金剑，打败了最后的BOSS。Saber的灵魂回到了过去，这只是她死前的一个大梦...
第二部第二部历史:无限剑网:无限剑网
零件2.1
在建立了游戏的世界观之后，作者开始把自己的笔触放在各种英雄身上。狂战士·狂战士(赫拉克勒斯)，魔术师施法者，刺客刺客(佐佐木小次郎)，枪骑士兰瑟(萨特)和弓骑士弓箭手都有完整的描述...这是最帅的舞台，每个英雄都有一个能引起玩家心声的背景故事。
——我印象最深的是卡斯特临死前唯一一次摘下帽子，给葛木宗一郎留下遗言:“我的愿望实现了……”...在所有的英雄和所有的魔术师中，她的愿望是最小的，那就是和她爱的人在一起，直到她死去...(题外话，相信所有玩家都会在前两天发布的FateHollowAtaraxia中再次遇到Caster。)
第2.2部分
故事的最后，弓骑士阿彻坦白了自己的身份。他就是龚伟·施琅，十多年后他被灵性化了。在他后来的命运中，他为了自己的理想，失去了身边所有值得关心的人。痛苦中，他决定回到过去自杀，避免成为英雄的命运。但是，历史自有它的规避措施。在决斗中，后卫龚终于刺穿了未来的自己...在灵魂回到灵魂王座之前，阿彻警告说:“如果你还想执行你那可笑的正义，你就永远救不了她……”
徘徊在生死边缘的战斗，让魏公石郎有了新的觉悟。最终他在材料表面做了一个剑鞘，投射出弓骑士阿彻的“无限剑法系统”，粉碎了BOSS的“王者之宝”，贯穿了人类最古老的王者...
第三个故事:天堂的感觉:就像天堂一样。
在前两条路线之后，故事主笔乃苏终于露出了好表象下的獠牙...急转直下的疯狂剧情几乎让所有玩家措手不及，郁闷了很久...抑郁，对吗...虽然名字叫《如天堂》，但是极其灰暗的剧情简直进入了压抑的内心世界...
3.4:最终版本
虽然接下来的大决战可以说几乎所有有名字的角色都被作者写死了，但我觉得这样的发展还是比较理想化的。魏公石郎抛弃了最初天真的想法，但他有决心保护间桐樱，即使他成为全人类的敌人，即使有可能把世界带入地狱——阿彻的相反决定。对他来说，最重要的是人能活下来，这是以生命为代价去奋斗的最值得的目标。(其实毕竟在前两个故事里，施琅身边有几个厉害的朋友，在这样的支持下，不需要太多考验就能完成那个奇怪的理想；第三个故事，我觉得他作为一个普通人，面对前所未有的压力，做出了最艰难的选择。)在东木镇的矿脉中心，在地下的大洞里，间桐脏砚终于被无法控制的黑暗间桐樱撕成了碎片。被Saber挡在暗处的龚伟·施琅用自己的身体做了一个“无限剑系”作为剑鞘，无数诞生于体内的刀刃最终摧毁了Saber的身体。黑暗中的Saber也许终于回到了最初的记忆，没有任何挣扎，没有对眼前的施琅说一句话，而是睁着眼睛默默消失在物质世界里...远坂凛复制了拥有第二大魔法的宝石剑，以自己身体的崩溃为代价摧毁了间桐樱身边的肮脏魔法，但就在宝石剑即将砍下间桐樱的头颅时，远坂凛让间桐樱不顾一切的反击贯穿了他。在最后时刻，远坂凛终于拥抱了震惊的间桐樱，并承认无论如何他都下不了决心结束妹妹的生命...？
最后的时刻终于到来了...“世界上最纯粹的邪恶”最终脱离了间桐樱，开始在物质世界中形成新的躯体。魏公石郎让幽灵骑士把奄奄一息的远坂凛和昏迷不醒的间桐樱带出大洞，准备留下来让弓箭手的手臂自己咬下去，从而制造出一个足够大的“无限剑系”，与出世的恶魔同归于尽。这时，伊利亚斯维尔的突然出现，废掉了施琅的最后一个动作，然后以自身意识的分解为代价，启动了作为真正圣杯的功能，逆转了“时间最纯粹之恶”的魔法，推出了第三个魔法“天堂之杯”，抽取了身体已经完全崩溃的韦公石郎的灵魂，重塑了物化的身体..............
远坂凛被世界魔术师协会以“留学”英国的名义任命的300人调查小组调查、弹劾和审判。各部门以“擅自发动第二大魔法”为契机和借口，试图争夺元板家族名下所有财产和土地脉络的所有权。然而，远坂凛却出人意料地被第二大魔法的真正主人和使用者——一个可以在平行世界旅行的老年魔术师——宝石翁——收为弟子，同时强烈保证自己的清白被协会赦免。
间桐樱接管了佟氏家族和坂口元家族名下的所有企业，并顽强地生存了下来。因为刻字虫的自我融合，它的身体还有伪圣杯的技能。不管是不是自愿的，还是可以和一个巨大的魔法源头联系在一起的。然而，依靠无尽魔法的支持，间桐樱仍然可以维持生命的延续和骑士的物化。后来将童氏家族名下的书籍全部卖给了魔术师协会，并得以私人购买中世纪流传下来的空白玩偶，以承载从地下洞穴中取回的卫公师郎的物化灵魂。
龚伟·施琅很幸运地被骑手接走，并在一个空白的娃娃身体里活了下来。发生在东木镇关系到世界命运的事件已经结束，他和间桐樱的人生才刚刚开始...