从第一部开始，宇智波佐助、木本樱春野、鸣人宇佐木(九尾被父亲的四代霍颖封印在体内)是第七班(老师:卡卡西)，后来大蛇丸(三忍之一)进攻木叶，杀死了三代霍颖。后来，(佐助的哥哥，萧的成员)出现了。佐助不知道真相，以为臭鼬被灭绝了，他要报仇。之后，纲手(三隐忍之一)成了火影。佐助发现自己的实力远不如臭鼬，于是投靠了大蛇丸，并在投靠途中与鸣人在末日之谷决战，勉强获胜。鸣人发现自己无法把佐助带回来，于是跟着自来也(三忍之一)练习。第一部电影就这么草草结束了。第二部分(暴风雨的故事)是第一部分。五年过去了，大家都长大了，肖(创始人:佩恩，幕后:宇智波麻原彰晃)也开始活跃起来。鸣人修炼后回到木叶，得知风影我爱罗(身中一尾)被萧派成员和红砂之蝎俘虏，前往沙人村。我爱罗后，又复活了。后来，赛(木叶暗根成员)加入了第七班。卡卡西照顾他的病(沙林根的过度病)，大和代替他。他们在佐助长大后认识了他。佐助太强了，他们都输了，佐助走了。安格尔和(都是萧的成员)抓住两条尾巴，在木叶杀死了阿斯玛。鸣人用一种新技术杀死了他们，螺旋手里剑。佐助杀了大蛇丸，找来水月、香菱和重吾做搭档寻找雪貂。佐助在途中与迪达拉交战，迪达拉自爆，佐助设法逃脱。佩恩和自来也激烈战斗，自来也死了。佐助杀了雪貂(雪貂放水厉害)。班告诉佐助内比都氏族灭绝的原因(话不多说，自己看吧)。佐助等人联合小，依靠新的万花筒sharingan成功俘获了八公，却实际上俘获了八公的蒂博迪替身。鸣人学会了魔法，在木叶和佩恩有一场激战(这段时间特别精彩，有四代，长门回忆)。最终，长门(控制六道佩恩，长着圆眼睛的人)改过自新，牺牲了自己的生命，救活了很多人(除了自来也)。五影代表大会在铁国召开，该团躲在五影代表大会会议中，企图利用沙林根控制会议，以主持选举自己为盟军领袖。的保镖青看穿了(青白眼)。原来，绷带下的右眼和右臂是从宇智波止水移植过来的。这时，白珏出现在会场，打断了会议，佐助正准备找团里报仇。团藏趁机逃跑，佐助被须山野和其他影子打败，斑及时赶到救了佐助。后来他要求五大忍者强国交出八尾九尾，遭到拒绝后宣布第四次世界忍战。看点佐助追上了团藏，团藏亮出右手(手中有N个沙林根)发动了沙林根的禁术:邪恶凪良，但还是被打败了。最后，团藏死了。佐助sharingan太瞎不能用了，斑是佐助的眼睛移植到雪貂身上。与此同时，八公大战真由，当战斗有着千丝万缕的联系时，雷英赶到了，两兄弟杀死了真由(其实真由并没有死，而是被八公带回了雷音村，躲在大刀的肌肉里，去执行潜行任务)。窦移植了大蛇丸的细胞，变成了比大蛇丸还BT。他找到班，请求合作。他用污秽的泥土召唤出长门、蝎子、臭鼬、、和最后一口神秘的棺材，班答应合作。鸣人来到八公修行的岛屿(由大和、凯和另一个陪同)，跟随八公学习控制。在实践中，有必要拔出九尾脉轮。当鸣人被九尾的意识侵蚀时，鸣人的母亲久思奈出现在鸣人的意识中(和四代里一样)。在她母亲的帮助下，鸣人成功地将九尾的意识与查克拉分离，展示了不朽的身体。接下来，九西奈开始讲述16年前九尾袭击事件的真相。故事讲完，九思乃离开。鸣人完成了修行，使用九尾查克拉的时候会显现出不死之身(加上不死状态和两个蛤蟆融合在一起，实力估计要上一层楼)，又有了新的能力(生命力强，能感受到负面情绪，一定程度上能获得堪比金色闪光的速度)，于是发现了藏在鳊鱼肌肉里的鳊鱼，一拳打出鳊鱼吐血逃跑。在逃亡的过程中，樱井真子正好遇到了来找鸣人的凯一行人。樱井真子把信息放进被召唤的鲨鱼的肚子里，被凯抓住了，所以无数的鲨鱼被这个操作弄糊涂了。由于鲨鱼太多，无法应付孔雀，凯被迫开到第七道门，使用了杀人技能“天虎”，樱井真子大Mako炸弹的技术瞬间崩溃，斩断了幽灵。山城青叶用类似于山中亥一的能力读取了樱井真子的记忆)，还有樱井真子第一次见到阿飞的场景(阿飞已经操纵了四代水影矢仓的三尾纵队部队，然后他从水影后面出现在樱井真子面前)， 而樱井真子对阿飞的忠诚，就类似于君马陆对大蛇丸和白质对永不再切(心存感激可以为他做任何事)这时候，为了不让信息泄露，鲭鱼保持清醒，挣脱枷锁召唤鲨鱼吃掉自己，壮烈牺牲。 为了确认信息内容，鸣人等人在打开卷轴后被困，被携带信息的鲨鱼逃脱。阿飞去找小楠赢了圆眼。牡丹要和斑同归于尽了。他用一个纸手里剑和一个爆炸符号炸掉了点点的右手。面具的一部分被毁坏了，他的脸缺了四分之一，但他没有死，因为斑及时移开了爆炸。小楠用秘技把现场封进了纸的海洋。小南想用6000亿雷管炸他，可是原来的虚体只能撑5分钟。但是点点失去了一只眼睛，凪良和谢毅一起逃走了。萧楠查克拉耗尽，被魔法控制去找长门，然后就死了。此时，窦也在实施他的另一个计划:由窦转世的完全复活，他可以拥有完整的心智，但他仍受窦的控制。也就是说，窦法术的先进性在于他可以拥有优先控制权。窦是管理员，是普通用户。当窦不使用权力时，可以自由行动，但一旦使用了权力。迪达拉的身体不工作，所以她可以使用它。窦克隆的Wansnake 2也是一个亮点。之后，世界大战将再次触发。红豆受伤，被侦察队逮捕的人被打死。其余都是蝎子和赛，作为九郎军抵达，发现他的兄弟。一对摇摆不定的赛依奥莫说，如果他们做出伤害同伴的事情，不可饶恕的勘九郎突击队和蝎子将与他们做战。。第一轮，忍者村的成员配合默契，勘九郎突击队获胜。蝎子的灵魂在勘九郎的劝说下超脱，将父母的傀儡托付给勘九郎后，转生的效果消失了。鸣人向奇拉比学习杀人技巧，奇拉比发现鸣人使用的螺旋丸与他即将教鸣人的尾兽枪非常相似。与此同时，卡卡西旅遇到了污秽之土转世的七忍人。并且再次打败了Zaibuchop，药师兜用污秽转世了第二代土影，第二代水影，第三代雷影，第四代风影，盟军已经做好了相应的准备...这些曾经的“影子”即将和艾罗带领的队伍一战。与此同时，半藏回忆起与敏郎悲歌的相遇。半藏，这个曾经非常重视“信仰”的人，曾经一度失去了自己的信仰，但在与敏郎悲歌的再次斗争中，他终于找到了自己。在被告知如何封印自己的方法后，半藏割开了自己的腹部，并被敏郎悲歌封印。另一方面，丁基错过了一个进攻的好机会，阿斯玛正要用丁基这个杀手锏打败阿斯玛，阿斯玛看到昔日弟子的成长很高兴，称赞道:“多么完美的蝴蝶啊！”然后密封。最后才知道，不一般的鸣人是想离开训练的地方。这时，伊鲁卡和许多负责守卫的木叶忍者出现在鸣人面前。没能阻止鸣人的伊鲁卡请求杀人蜂保护鸣人。伊鲁卡发现自己在鸣人心中是一个很特别的存在。鸣人在杀人蜂的帮助下，打破了屏障类设置的屏障，逃离了监视现场。发现它们的查克拉把这件事告诉了宇智波马达拉。为了活捉八公和，班决定亲自上阵，召唤外道魔像，而他召唤的外道魔像也让忍者联合军的人束手无策。斑从忍者联合军手中夺走了金角、银角曾经使用过的装具，其目的似乎是为了夺取九尾的金银和查克拉。此外，曾经吸收了八尾章鱼脚的查克拉，已经在尾兽聚集了九个查克拉的光点，即将在耐力二战战场上对鸣人和杀人蜂展开“月眼计划”。九尾突然出现在鸣人面前，并说鸣人没有化解人与人之间仇恨的力量，这让鸣人想起了在忍者学校与佐助成群结对战斗时的场景。尽管九尾的言论，鸣人仍然坚信，他可以得到佐助回来，结束战争。作为联合军的将军，第五代和第四代艾突然出现在火影忍者和奔驰的杀人蜂面前，目的是阻止他们上战场。第四代雷英出现在鸣人面前，准备阻止鸣人继续前进，但鸣人一心要上战场，与雷英发生冲突。看到战斗不可避免，杀人蜂上前阻止雷英保护鸣人。当他们的拳头对着对方时，杀人蜂的话让雷英想起了云忍者村挑选自己的忍者时的情形。四代雷英-徐回忆起和吉拉皮一起练习的日子，在前八柱死之前，他告诉她，对柱子来说最重要的不是力量，而是填补自己空白的东西，所以吉拉皮必须找到那样的东西。从那天起，AB团的名字响彻了整个忍者国家，吉拉皮完全控制了八公，在忍的战场上打了第四代霍颖风暴水门。双方以平局告终，水门事件告诉他:如果你不尽快找出对吉拉皮来说什么才是最重要的，他会变得与其说像鬼，不如说像鬼。雷英回忆了与四代人的战斗。雷英知道四代飞雷神的弱点，并注意飞雷神的位置。当雷英攻击四代的时候，四代已经瞬移到了八公的背后，因为八公的章鱼脚被四代砍掉了，留下了技术。回到现实，当鸣人想要阻止它的时候，被雷英阻止了。(速战)后来为了让鸣人过关，八公用西丽牛刀(和雷英)鸣人过关...杀人蜂说，除了尾兽的力量，他还有一个像太阳一样明亮的珍贵的东西，而鸣人有两个这样的“太阳”——那就是他的父亲和母亲托付给他的珍贵的东西。在雷英的全速进攻下，鸣人像第四代霍颖一样开启了“黄闪”，避开了雷英的进攻，最终得到了雷英的认可。另一方面，野心勃勃的spot，利用前纵队部队的尸体，出了新的“佩恩六路”，即将迈出下一步。忍者联合军的两个忍者被污秽之土召唤出来的有着磁性避血结界的云仁特洛伊攻击。这时鸣人及时出现，用螺旋丸击倒特洛伊。与此同时，第五代《我爱罗》和第三代《屠应大玄》也直面了四个被污秽的土壤所轮回的昔日“影子”。大玄用尘逸和二代屠对战，而我爱罗的对手是第四代，其父也使用了忍术。臭鼬与长门同行，鸣人和鲍比遇到臭鼬和长门。我喜欢和爸爸聊天。我爱过罗，哭过，因为我爱过罗，也被爱过。我爱我的父亲，污秽已被破解。第二代和尚水影是个好人，他躲在暗处，使用魔法。第二代水影从阴影中召唤出蛤蜊。小野木VS小野木处于劣势。雪貂曾将其留给鸣人的乌鸦，并启动了“万花筒sharingan”止水、“其他神”的幻术，使雪貂摆脱了“污垢轮回”的控制，以“天照”反击长门。雪貂把这个力量给鸣人的时候，本来是想在鸣人对抗佐助的时候启动这个幻术，但是在这场战斗中先派上了用场。此时使用裴的“饿鬼道”的力量，借鉴杀人蜂中的查克拉，力量又恢复到了鼎盛时期。鸣人和长门又要开战了...火影忍者，最后和艾罗等人一起加入我，用“迷惑螺旋丸”击倒二代土影，然后大家就没有封印了。我爱罗，对鸣人的突然出现感到意外，担心鸣人过度使用九尾模式，但鸣人回复我爱罗“变成鸣人就不会死”；之后鸣人和我爱罗，第三代土英分头行动，来到了特玛里等人对抗第三代的战场。另一方面，最终得到沙林根佐助的永恒万花筒，用“辅助能力”杀死一直在他身边的唯一。看来他就要开始行动了...鸣人到达第三代雷英所在的战场，但鸣人的“风遁螺旋手里剑”对号称“唯一能与尾兽抗衡的人”雷英毫无作用。这时，鸣人注意到了雷英胸前那道闪电般的伤疤，并被云仁告知那道伤疤是在与八公战斗时留下的，于是鸣人决定使用尾兽炸弹进行攻击。毕竟鸣人没能完成尾兽的戏份，连九尾的查克拉模式也消失了。此时鸣人要求直接接触杀人蜂和小八。从他们的话中，鸣人推测第三代雷英很可能是被自己的举动所伤，留下了伤疤。之后鸣人在不朽模式下用螺旋丸避开雷英的攻击的同时击中了雷英的手腕，使得雷英自己的“最强之矛”贯穿了他的胸膛，与雷英的战斗终于结束(到最新漫画555)