这部作品中的所有人物都与“幻想故乡计划”有关，最终权限是第九章世界BOSS未知人类形态“龙神”的主程序模块。
不提角色，提一些剧情主线。
巴云子未能团结各方。毁灭过程中，幻想曲世界成员的“数据”被电信号无线辐射，影响胚胎，实现“轮回”(终极权威)。由于权限不足和逻辑悖论，巴云子(节目中梅丽的化身)和【真】姐红、此时无法被杀。
神七模仿{齐针}姐姐的红霞之夜，塑造蓬莱的人形，是第二主角。因为从初始数据创建新数据的特殊性，即使复制，莲子也是持观望态度的，不是作为BUG直接移除，而是没有被神七或者八云子放到这个世界上。神七投胎为灵媒创造创世纪，并试图依靠存在过的记忆将世界连接回幻境，或者在这个世界创造灵力的人通过森再现幻境。
“创造计划”是神七打算通过一个楔子把这个世界和幻境连接起来，灵梦在这部作品中消失，成为第一代女巫的复活工具。第一代女巫的目的是创造一个只有人类的世界。
爱丽丝，作为神七的女儿，离开罗森建立了一个自由雇佣军(玛丽莎琪露诺夫人和其他)。
冈崎梦美以科学家的身份加入创世纪，用纳米机器人的科技方法创造了通灵能力。她曾经利用孤儿院的实验导致除了咲夜和佩奇以外所有人的死亡。纳米机器人的红雾吸引了达尔小姐的注意，她杀死了对纳米机器人大发雷霆的特丽莎，并被咲夜抓住。她知道自己无法消除误会，于是她在咲夜和佩吉之间制造仇恨，以增强他们之间的力量。
八意永琳和“最终权威”的数据序列安排失败了，大部分数据被抹去了(失忆)。最后和巴云子一起逃亡，被神七收留，创办了鸸鹋制药，用生物科学的方法创造了特异功能(改造人)，收留了兔子铃仙，转世后创建了学园城收留了一些失败的改革者和他小村子里的人。
最终权威随后获得了杀蓬莱人，杀子的权限。但由于执行数据无法离开幻境数据层，来到程序中的“现世”，蓬莱人形被龙神启用，部分数据被修改(理解为赋予力量)，目标是消灭“现世”转世的所有人。如果没有实现，所有人都会被带到幻境程序，被最终权威再次粉碎删除，蓬莱人形被放入现在的世界。
第一章:我第一次见到香林子的时候，我帮孟瑶踢过亭子。作为罗森神的精神梦想，我邀请UUZ加入俱乐部，被拒绝杀死UZ。葛线上的UZ(先去白玉楼)将作为灵体复活，BE线上的UZ将死亡，失去孟瑶守护者的人将在剑道馆赎罪，而不是回到幻境。
第二章:罗森的艾伦·奥里斯挑拨了鬼魂与镇民的关系，通过科学研究获得了1/7的遗迹信息。镇民把鬼赶出村子，天子把鬼放在鬼城，灵梦煽动鬼攻击村子，鬼被制止后就沉默了。在葛线上(和梅里一起去鬼城)，鬼因为莲子的能量探测躲过了灵梦的攻击，梅里的快拆境界导致了第二阶段。
在第三章中，罗森分别支持双神挑起国战获得研究信息，拜访了香香提供的改造人科技，神奈子用精神梦境的魅力增加了机甲，罗森获得了遗迹2/7的信息。主角一开始被藻苗误认为是改造人，后来因为双神不肯让路而加入阻止国战的队伍，葛线(帮助神奈子)救了他。因为主角来访，双神活了下来，BE线暗香反叛杀死了素瓦尔，神奈的爆击导致了自己的死亡。在与赫童交谈后，他预料到了国家战争，并寻求自由雇佣军的帮助，以阻止灵梦被暗杀，赫童活了下来。
在第四章中，罗森获得了3/7的无人岛遗迹信息，支持爱在火山之巅打造大都市，从心中抽取火山资源诱发火山爆发摧毁慕童镇以掩盖移走遗迹的行动，主角和文君前往大都市寻找信息，被李煜算计。他们逃脱后在下坡路上被爱情和女妖拦截，BE线被女妖抓进了监狱，但是磷偷了钥匙却耽误了时间。火山爆发，NE线去大都市救人。葛线在猫的帮助下牵制住了女妖等人，并根据三柱神推断出火山神的存在，依靠自身力量阻止了火山爆发。魅魔抢夺核能核心，计划毁灭村庄，文学恢复记忆，唤醒并打碎了魅魔(由于地形限制，魅魔没有百万火花)阻止火山爆发。
第五章，剧情最长最恶心的一章，黑衣人提前来到了雪原城并且已经和阿秋沟通好了，主角随后也来到了永林的雪原城。虽然林勇被监视着，但他没有采取行动。骗过小镇后，他用佣兵身份骗过了四季和阿秋，报名参加了纪大赛，并在四季与对练。晚上他谎称给主角喝了加了玫瑰补药(一种强效镇定剂)的饮料，喝了那种饮料会被指责。收集整张海报，巡逻结束后去老教学楼推剧情。铃仙要求银盘Z去掉红姐，Z更正顺序去掉所有角色。如果说红姐团队因为机关昏迷，真美红一个人无法应付银盘Z，小碎骨被银盘Z杀死，否则红姐打败银盘Z救了小碎骨和银辉，真美红带着大家出了老教学楼。晚上答完题，她遇到了兔子和永林去考试。灵梦和队长执行摧毁雪原城的计划。永林放水对抗，告诉计划，弘姐通过施术者徽章得知，并去和施术者(NE哥)谈判，取得施术者的信任，而因为之前的关系取得信任(GE)/不信任，被未能阻止电波传送，NE被黑衣人欺骗，驹町和四吉被攻击，二号塔倒下，未能阻止电波传送。在GE线上，黑衣黑衣人未能阻止电波传输。
第6章:城市线:劳伦镇发现了咲夜和佩奇。为了在信任中杀死野外的怪物，佩吉·咲夜加入了队伍并前往魔鬼邪教，救出了名义上被捕的乘客和以高句丽为化名的冈崎梦美。梦美骗他们去找“他们的姐姐”鲁米亚，然后让他们去粉丝之洞做德罗贝的实验体。在明亮的夜晚，佩奇·咲夜打败了鲁米亚，找到了祥林。回城的路上，去了魔教，一无所获。回城后，在机场找到了大小姐和二小姐。决战之后，大小姐身负重伤。咲夜恢复了记忆，与鲁米亚展开了战斗。鲁米亚受伤进化后，又去打仗了。破了之后，萌妹放出红雾，让大家跑了。红姐因为重生快，火焰属性，没能活下来。如果她是1-5BE，叶辉会杀了所有人，然后她进入了7章罗森线。如果有葛，红姐会顶住夜的大范围轰炸，拯救大家，用物理手段让逐渐冷静下来。之后在大小姐的委托下，会在红魔的船上支持爱丽丝，被香香拖住，黑衣人会支持爱丽丝打败孟玲。
红魔鬼线:一开始，我去寻找影齿龙，但是我去了红魔鬼船所在的山洞。和大小姐、爱丽丝见面后，去之前去过的各个地方发传单，踢凉亭吸引眼球。回程的时候，我遇到了纳米机器人红雾红魔鬼舰坠落，然后我穿过花间仙境回到镇上在机场决战。晚上，我被鲁米亚打成重伤。大小姐去救咲夜，咲夜恢复记忆，与鲁米亚开战。情节与《城市之线》相似。第六章结束后
在第七章中，船长和港口自由职业雇佣兵(琪露诺、莫丽莎)前往七岛上的纳巴卡兹监狱营救圣白莲。到达后，界碑被莫力莎偷走(试过)，与红姐对战(战败，1分)。然后他们去港口帮忙清理机器人，开战斗会议，找零件修理船长的船，买燃料。出海后，船底被纳兹灵破坏，他们留下来返航。战败后，炸弹被冷冻后扔进海里(完美拆弹)。鬼船(罗森自动巡洋舰)拦截的时候，船长用穿甲弹把大家送到鬼船上，找到伞和枪(注意画的很吓人，不要集中注意力)把船开到七岛。大师兄截住后，建议战败后找圣白莲。找到后，白莲不肯离开，当被要求解释原因时，责备之环炸开了。
如果你在这里追踪孟玲，并进入它的发源地(遗迹4/7)，它将在第七章和孟玲之间进行最后的战斗，并以【消失的蓬莱传说】结束。
主楔被摧毁了，次元的力量穿透了。这个世界受到幻境龙神力量的影响，被彻底毁灭。
按照黑衣人的意志行事，他回到缺口召开战斗会议。黑衣人(真妹妹弘惠夜)遇到妹妹弘惠夜，主角情绪崩溃。康复后，他和其他人一起收集有关“楔子”的信息，并分兵阻止罗森打开楔子。圣白莲带领星莲船支部去奥兰治姆保存着升空神庙的遗迹(5/7)。
米勒队和灵梦队比赛，被灵梦队骗了。灵梦用米勒的力量摧毁了主楔子。灵梦用常规阵限制行动然后离开。米勒队倒下，田字、早苗、温温队分别与艾伦、艾莉、茨木华扇(1-6GE)战斗，守住辅助楔，主角队进入莫里罗总部，解除安全等级，与佣兵训练区的女妖战斗。莫丽莎和女妖的魔炮轰击爱丽丝，爱丽丝去医疗中心救了梅德辛。然后她去了审议区，被香香拦截了。如果爱丽丝死了，打败了香香，香香暴跳如雷，淑女就会和香香同归于尽。如果爱丽丝没有死而救了梅德辛，她会用救下的梅德辛来缓解自己的情绪，解除安全等级。她可以去资料室拿硬盘，然后去科技工程区，安全等级也提不上去。
之后去打神七，来到魔池(6/7)。
如果1-5没有阿格章，或者没有收集到所有信息，没有带莫丽莎去救爱丽丝，那就是be的末日了。
神七强行打开楔子，主楔子和神七所在的魔池楔子一起打开，龙神之力破坏外界。
如果智力完整，但是爱丽丝死了没有莫丽莎，就会有一个be【不完整世界】的结局。
神七强行打开楔子，却未能与世界接轨。能量摧毁了魔法池的空间。神七和主角，主角队死了，巴云子带领剩下的活在现实中。
如果1-5章没有全GE或者全信息，爱丽丝带着莫丽莎归队，就会有NE【重逢，重新开始旅程】。
爱丽丝牺牲了自己的封印楔，神七恢复了记忆。孟梅和孟玲闯进了缺口。由于人数难以抵挡，巴云子诱骗梦美进入次元，用龙神之力杀死了梦美。假装恢复记忆，激怒子和神七与主角展开反击。双吉被带离意识，作为人形打败了龙神。孟玲造反了，巴云子为了希望把蓬莱人型扔进了一个平行世界。
第二章不停，第九章就来了，还有NE【太平之地】。
梅里和莲子不会因为沙漠夜话而获得来gap的机会。第九章因为缺乏认知，只能进入桌子世界，而不能进入数字“内部”世界。最后双姬牺牲自己，与龙神同归于尽，八云紫带着二次元半消失。
1-5GE，在沙漠中休息，梅丽尔莲子进入编队，第八章选择守护乌托邦，这是GE线【光芒指引的乌托邦】。
打败龙神后，八云和紫消失了，梅利用自己境界的力量把大家带了回来。因为八云紫消失了，幻化村民转世大多是人类，第一代女巫也没有造反。蓬莱人形吸收了龙神的力量，最后被推崇为守护神，在她完全康复后离开。
如果选择在新世界创造未来，那就是【新未来】，类似于另一条GE线。
如果1-5BE，总评价不为0。第六章屠宰场进入罗森线。
总有一天，我会恢复记忆。樊华将以导游的身份前往，获得收集矿井中物品的任务，找到梅贝尔(爱丽丝留下的身影)并交给梦梅检查。
第二天主要任务是协助梦美修理零号方舟(红魔鬼舰)，附加任务是分发药品。
三天后，我和女妖一起去支援雇佣兵和研究人员。最后，我抓住了想为家乡慕童报仇的潘迪。当我要杀死皇帝的时候，我受了重伤。佣兵被女妖从我身上扯下，杀死魔人，皇帝逃脱。女妖为了防止泄密，打算杀了研究员，红姐阻止了我。孟玲用梦印抹去了记忆。晚上帮司机和温泉屋的佣兵送爱心午餐，半夜起来和红姐一起找水。在沙龙里，我遇到了香香，讲了一个自己和医学的故事。梅贝尔反抗，打败梅贝尔后追杀爱丽丝。如果所有的额外情节都在之前触发，我可以帮助香香，送走爱丽丝以换取药物治疗，香香就会离开罗森。否则我会帮魅魔停香，灵梦会追上爱丽丝摧毁飞机。
4月4日，神七开了一个质询会，批评第三晚的处置，回到宿舍。叶辉在叛乱前收到了一封来自梅贝尔的电子邮件，其中包含了绝密密码。了解信息后，她去参加了灵梦领导的作战会议。如果贡献值达到40，她就可以接受主神的高级任务。
第五天去七岛监狱看了一场戏(反派视角第七章)。红姐和被自由佣兵和夫人、等人牵制，提出和解，夫人却说出了疯狂屠城六记里发生的事情，惹怒了莫，莫疯狂攻击叶晖。为了拯救叶晖的觉醒，红姐再次与自由佣兵开战，黑白、队长、纳兹灵、守寡。最后Lady被杀，如果她去原来的地方帮助香香，香香加入了队伍，被爱丽丝留下的森罗兵拦截。她发现真美弘和已经在这里了，相互嘲讽一番后，灵梦把他们打发走了，然后带着冈崎梦美的力量回到了缺口(塞，7/7)与八云和紫战斗。另一方面，林勇趁森罗仁人少，带领铃仙发动突袭提升安全级别，林勇也来了。
如果评价不为0(评价行为相对较高)，巴云子会认为主角双吉虽然是龙神的一枚棋子，但仍有希望带领世界走向更好的结局，所以会辱骂双吉和罗森神，并承诺下次信任双吉(很难理解平行世界还是另一个轮回)
1-5BE，且评价为0，妹红会终于觉醒，但八云和紫最终放弃希望，灵梦俘获灵体，最终被安排在缝隙中抵抗龙神的力量。创世计划终止，双吉担任创世总裁，罗森人被分开。在樊华和其他人的支持下，她成为创世纪的总裁，并带着她母亲的遗产过上了新的生活()。
如果全评，全章TE，八云紫会在双吉之光的指引下脱离两个半维度而不是消失，也对世界的起源有了一个认识。因为八云紫没有死，一代魔女吸收了龙神的力量发动了全场攻击，被双吉和八云紫一起抵抗。八云紫身受重伤，随后她用缺口连接了两个半维度，做好了战前准备，再次通过博力大结界来到了幻想中。一代魔女介绍了“幻想国度计划”毁灭的原因——妖力吸吮，巴云子被双姬以梅丽尔在人间最后一次投影的名义阻止，带着原本的灵异之梦开战。
灵梦最终成为一种纯粹的权力形式——混沌，再次与主角等人开战。在战斗中，主角意识到需要使用“幻想程序”的源码(代码)来处理，最终打破混乱，原来的灵梦消失了。
为了将“乌托邦计划”从毁灭的循环中解救出来，双姬根据分析得出结论:梅丽尔的小纸条应该被删除，以阻止梅丽尔做乌托邦的梦，避免世界的交集，代价是发生的一切，双姬的存在(神七在毁灭乌托邦中创造的最后一张牌)将作为从未发生的事情被抹去，最后删除_ paper；删掉小纸条，人也渐渐消失，回到了应有的幻境。
梅丽尔和莲子在留下一丝潜意识作为构建乌托邦的例子(“又有人指着我们的新车”)的同时，在这个世界上找到了蓬莱人形留下的笔记本，并在此基础上翻开了新的一页。
说实话，结局基本上有一个祖父悖论...就当是浪漫主义吧，仔细想想也没办法。