首先基于渚熏的“自主意识”的Dummy system是在霞天使来袭之前才完成的，你问这个就好像问F-22战斗机那么强还要F-4战斗机干什么，F-4先出现的，而F-22是很久以后才出现的。驾驶员先有的，Dummy system是直到后来才出现的啊！完工后优先提供给力量最强的初号机。或许你是不是问对三号机战斗那次，初号机都已经植入Dummy system傀儡插入栓了，还要真嗣坐进去战斗干什么，关于这一点，伊吹玛雅的话已经解释了：“可是Dummy system还存在诸多问题，而且没有赤木博士的指示。”Dummy system程序还存在诸多问题，这是真嗣优先Dummy system操控初号机的根本原因。想想当年苏联“联盟一号”宇宙飞船就是因为程序一个小数点的误差就导致坠毁。Dummy system的力量你也看到了，太慎人了!要是系统出半点误差，那可不得了！这是碇源渡将傀儡系统作为真嗣的“替补”的主要原因；没有赤木博士指导算是一个次要原因。或许最后初号机捏/咬碎插入栓就是系统误差的问题。不过碇源渡还是想得很周全的，最后Dummy system的确派上了用场，并且没有出现什么意外，唯一的意外可能只是三号机的插入栓被Dummy system毁掉了。 Dummy system可以模拟驾驶员，让核心中的灵魂认为插入栓中的是驾驶员以此来构建AT立场。可最后tv19集Dummy system终于没有骗到碇唯，傀儡插入栓遭到碇唯拒绝，她只接受碇真嗣。
在初号机首次载人启动试验时，碇唯主动担任初号机的驾驶员，由于eva的核心中没有灵魂，导致碇唯的灵魂被吸入核心，失去了人形，与初号机的核心融为一体。所谓将核心中放入适格者母亲的灵魂，这是为了达到驾驶员与eva（说白了可以看作是驾驶员的母亲，因为驾驶员母亲的灵魂已经和eva融为一体。）之间的同步率，反之将没有同步率，除非像渚熏或凌波丽一样体内有莉莉丝和亚当的灵魂可以直接同步eva，而渚熏拥有自主意识不光能同步还能自主调控同步率。在之后的战斗中，每当碇真嗣遇到极其紧迫的生命危险时，碇唯的灵魂就会苏醒保护碇真嗣，也就是初号机的暴走，但这关键还要看碇真嗣是怎么想的，如果他不想对付敌人，即便碇唯也没有办法，比如对战3号机，碇真嗣根本不想干掉3号机，根本没有那个心思，碇唯有力无心。结识碇源渡之前就已经是Seele或其辖下组织的成员（片中的描述是“她背后的组织”这个组织即是seele），所以她对seele的计划和目的了如指掌，即便补完计划成功实施，所有人类的灵魂融为一体也只是在一个肉体的LCL中存活，从唯物主义讲实际上等同于死亡，碇唯就是想让拯救人类，避免卷入这种悲剧。而如果利用第三次冲击使人类进化是最得当的，于是便有了碇源渡和seele不同的计划，碇源渡希望以初号机引发冲击，是全部人类的灵魂融入到初号机中，使人类进化为神，而将自己妻子灵魂放入初号机则可占据最大的主动，并且可让自己的儿子来驾驶。以此为计划的实施带来极大的便利性。
至于吃使徒，这是碇唯为了获取力使徒的S2机关，通过吃来融合力天使S2机关，这样一来，初号机同时获得了碇唯的灵魂（智慧之果，人类的智慧）和使徒的永动装置S2机关（永恒的生命，即生命之果），使初号机成为最接近神的生命体。 这就达成了到时补完的条件。
还有楼上的。。。不是5号机。是5-13号量产机，是剧场版真心为你，你没指出。并且单指5号机，让别人还以为是破的5号机呢。“由于防止eva觉醒后造反或者真嗣母亲那样把eva作为自己的工具，普通eva出厂时被阉割很多功能，比如没有S2机关，比如初号机的甲板不是起到保护作用而是起到拘束限制作用。所以相对使徒来说比较乖巧听话。”这个么，碇唯是碇源渡的老婆它是无论如何也不可能造反的，碇源渡和seele不同的计划就是碇唯所提出的，真嗣母亲把eva作为自己的武器，这话怎么说的那么别扭，作为自己的武器没错，但那时也是为了干掉使徒和保护儿子，有什么错，碇源渡巴不得碇唯暴走赶紧灭杀使徒，要不第一集让什么也不会的真嗣坐上初号机，以引发初号机的暴走，这都早都算计好了。造反，换成别人我信，但是碇唯是无论如何也不可能的。所谓防止暴走之类的抑制初号机的手段都是冬月 ，律子 ，碇源渡这些了解内幕的人做给别人看的，不能露出任何破绽，因为有seele。拘束器是为限制eva的力量没错，但你说的那些怎么看都好像是针对碇唯似的。。eva出厂没有阉割任何功能，S2机关属于eva天生不具备的东西，四号机就是为了研发搭载S2机关的eva而制造出的收集实验数据的试验机，eva要是天生就有，还开发四号机有毛病啊？初号机吞食了力天使的S2机关，这为碇源渡的计划迈出了一大步。
另外一定要把装甲板和拘束器这两种东西分开，混为一谈是完全错误的，但从eva外部来看，有一小部分是拘束器而大部分都是为防护用的装甲板，初号机觉醒后所崩开的部位就是外部拘束器，外部绝大多数都是为用于防护的装甲板，但其实更多的拘束器是打在eva身体内部的，将eva收缩成那种形状为了抑制eva的力量，为了尽可能减小eva暴走时或驾驶员将eva据为己有所造成的破坏（二号机解除体内拘束器后体型大变力量猛增）。比方说三号机被灭后真嗣想用初号机破坏本部拘束器就起到了限制其力量减小破坏的作用。（话说真嗣真有本事，干使徒时是装怂么，干本部倒是一点也不怂了！真是窝囊废，零号机要是不被切/吃他能开着初号机出动？敢说是为了全人类他根本不可能，他那是真勇敢的人么，真心为你里不又是怂样了么，直接坐等着让量产机截走了。。这恐怕就是一个人的本性，漫画里初号机干量产机反倒有些不真实了。）