这部小说描述的事情发生在美国内战之前。作者通过一个名叫哈克的白人男孩帮助奴隶吉姆逃跑的故事，描述了19世纪中叶美国中西部生活的方方面面，揭露和讽刺了美国文明社会的丑恶现实，尤其愤怒地谴责和批判了腐朽的蓄奴制度。作品的思想倾向集中体现在主人公哈克身上。
哈克从小就是一个无家可归的流浪汉。他没有受过文明教育。他不用去教堂祈祷，也不用穿体面的衣服去学那些优雅的礼仪。他喜欢独立生活。他是一个自由的孩子。后来，好心的道格拉斯寡妇收养了他，教他读书，送他上学，希望能教他做一个温柔得体的“模范”孩子，让他将来成为一个“文明人”。然而，哈克讨厌普通人平淡的生活和虚伪的礼貌。他认为生活“太闷”，简直是“终日煎熬”。他不断逃学，到树林里睡觉，说只要能“换个空气”，他宁愿下“地狱”。哈克对世人羡慕的上流社会评价不高。他不仅不想做一个体面的绅士，即使和“有地位的人”在一起，也会觉得浑身痒痒。他保持着身边一个单纯的孩子所特有的好奇和敏感，凭着自己的个人感觉判断正确与否，甚至质疑神圣的宗教信条:“如果一个人可以祈求什么，为什么Yoken Wayne不能把他卖猪肉丢的钱赚回来？”为什么寡妇不能拿回她的银鼻烟壶？为什么沃森小姐长不胖？不，我心想，祈祷一点意义都没有。“哈克最终逃离了那个环境，因为他无法忍受那种死气沉沉的生活和文明的教育，寻求自己理想的自由生活。在马克·吐温的作品中，哈克与这种僵化的社会规范格格不入，使他避免了被环境所腐蚀，保持了自己淳朴、诚实、善良的性格和清醒敏感的头脑，变得更加天真可爱。
但是，作为一个在这样的社会中长大的十二三岁的孩子，他不可能不受环境的影响。作者忠实地反映了哈克思想中的矛盾，加强了这个人物的真实性——当哈克在密西西比河上遇到吉姆并和他一起乘木筏逃亡时，他不得不面对当时严峻的社会和道德问题——如何应对种族歧视和奴隶制。这时，社会环境强加在他幼小心灵上的传统观念与他正直善良的性格发生了激烈的冲突。在这场激烈的思想斗争中，哈克的叛逆性格真正成长起来了。
吉姆逃亡以逃避被卖到南方的悲惨命运。当时美国南部是奴隶制占主导地位，比中部残酷得多。在南方的种植园，奴隶被当作牛和马的仆人，即使是最强壮的劳动力也要在七八年的折磨后流血致死。正如马克·吐温所说，“...对我们白人和黑人来说，南方的农场是纯粹的地狱，没有比这更温和的词来形容了。”正是出于怜悯和同情，哈克愿意帮助一个将要被扔进“地狱”的人去争取自由。但一开始他并没有把吉姆当成一个有人格尊严的同伴。他总是取笑他，取笑他。后来，他发现吉姆善良、诚实；对待自己有时像朋友一样真诚，有时像父亲一样关心；发现他“和白人一样”，“想着自己的家人”，作为一个真实的人拥有和白人一样的尊严。因此，哈克否定了社会灌输给他的种族偏见，做出了自己的判断——吉姆是“一个好黑人”。有一次，因为一个恶作剧，吉姆抱怨说，哈克感到羞愧，“几乎想吻他的脚。”从那以后，哈克再也没有取笑过吉姆，他们成了知心朋友。
然而，随着“自由州”的临近，奴隶制的概念开始一次又一次地折磨着小哈克。他所谓的“良心”不时警告他，绑架主人的财物是大罪。每当他听到吉姆为自由欢呼时，他就感到“颤抖和发烧”以前学校教学总像瘟疫一样缠着他，总有什么东西对他说:“谁要是跟你一样，做了拐卖逃跑黑人之类的事，就得下阴间去油锅。”在哈克面前，告发吉姆是符合上帝旨意的“正道”，而帮助他逃跑则是通往“地狱”的邪路。哈克在岔路口发抖。
哈克的心理矛盾真实地反映了内战前奴隶制概念在一个善良的孩子心灵上投下的阴影。马克·吐温有过这样的亲身经历。马克·吐温6岁时，他的父亲参与了对三名教唆奴隶逃往北方的废奴主义者的审判，担任地方法官。当时有很多当地人在场，一次次威胁三个白人，要把他们拉出来吊死。最后，在大众的欢呼声中，法官判他们12年苦役。吐温在1895的笔记中写道:“在奴隶制的那些日子里，全镇人都称赞这个东西，就是奴隶财产的不可侵犯性。帮助偷一匹马或一头牛是一种卑鄙的罪行，而帮助一个被追捕的奴隶，……或犹豫不决马上举报他是一种更卑鄙的罪行，它带来了一个洗不掉的污点。
追奴的人持这种观点是可以理解的，因为有相当可观的报酬；但是穷人持有这种想法...而他们的热情和不妥协，是我们今天无法理解的。当时这个概念在我看来是理所当然的；这对哈克来说很自然...同意它，即使它在今天看来是如此荒谬。“不难看出，奴隶制是当时那个文明社会的基础，一个白人孩子要摆脱奴隶制偏见的束缚会有多难。帮助一个黑奴争取自由意味着对社会的挑战。哈克必须拿出勇气去面对自己的亲人、朋友甚至整个社会。
哈克的思想斗争相当痛苦。他曾经抵挡不住“良心”的谴责，给吉姆的主人华生小姐写了一封信，报告了吉姆的下落。但是，他立刻想起了他和吉姆在木筏上的和谐友好的生活，吉姆对他的关心和爱护，吉姆亲切地称他为“宝贝”和“老吉姆世界上最好的朋友”。哈克看着他刚写完的信，感到很不安。作者写道:
这真是一个两难的选择。我捡起那张纸，拿在手里。我浑身是汗。因为两条路我都要下决心选一条，而且永远不能反悔。这是我看得很清楚的。我想了一会儿，好像连气都喘不过来了，然后对自己说:“好吧，那你去死吧”，然后一下子就扯掉了。
这标志着哈克与奴隶制的彻底决裂。他说:“从此以后，我再也不打算改过自新了。”他不想走文明世界的“正道”，也不想做人们普遍称赞的“好事”。他背叛了虚伪的“上帝”，选择了一条当时社会所不齿的“邪路”。实际上，这条路是当时美国人民和资产阶级民主势力反对奴隶制所走的正义之路。最终导致了1861到1865的内战——美国第二次资产阶级革命。当然，年轻的哈克不可能理解这一重大意义，但作者的意图非常明显。他从资产阶级民主的立场谴责奴隶制。
在两个逃亡者寻求自由的旅途中，哈克几次走进密西西比河两岸的城市和村庄。这使他能够更广泛地接触社会，观察和了解那里发生的事情。在这次旅行的过程中，他也表现出了自己叛逆的性格。
有一次，哈克在河上遇险，被格兰吉福德一家收留。在那里，他亲眼目睹了格兰吉福德和谢泼森两大家族之间代代相传的血腥争斗。上次打架的直接原因是格兰奇夫的女儿和谢普森的儿子私奔了。结果格兰奇夫父子在斗争中死得很惨，一文不值。作者在这里描述的，其实是欧洲中世纪封建制度的残余。发生在19世纪的美国，真是对现代美国文明的讽刺。在这段经历中，哈克始终是一个旁观者，然而，他默默地表达了自己对这种野蛮的社会现象的憎恶。哈克无法理解为什么这些高尚而循规蹈矩的绅士们会无休止地自相残杀；当被问及这一代人不和的原因时，双方都不记得了。哈克看到格兰吉福德和谢泼森拿着枪坐在教堂里听牧师大谈“爱情”，听他们热情洋溢地谈论对上帝的虔诚，心里很反感。他想，“去教堂的人几乎都是万不得已才去的，而猪就不一样了。”对于罗密欧与朱丽叶式的爱情，那些高贵的绅士们抱着一种憎恨和厌恶的态度，而哈克却不是。他不经意间成了爱的使者，听到这对恋人夜里逃了出来，已经过河逃生，他由衷地高兴。哈克的思想与世俗观念背道而驰。
国王和公爵是哈克·鲁豫的两个骗子。他们唯利是图，一路上不择手段地谋取钱财。他们甚至冒充玛丽小姐的叔叔，试图夺取她的那份遗产。他们通过胡言乱语和哭诉，骗取了人们的信任，得到了一袋价值6000元的金币，并拍卖了原主人的全部产业和奴隶。贪财的不仅仅是这两个骗子，镇上几乎每个人都是。当“国王”和“公爵”拿着一袋金币来到大众面前时，“大家围坐在桌子旁”，“大家看着眼睛，舔着舌头。”马克·吐温在这里揭示了美国文明的一个最显著的特征——拜金主义。但哈克是唯一的例外。他蔑视文明世界的公理。在小说的第四章中，有一个关于哈克把他的钱免费送给萨切尔法官的故事。后来，当他看到这两个骗子如此无耻和贪婪时，他说:“我一生中从未见过像国王这样贪得无厌的家伙。他简直吞下了一切。”此时的哈克已经不仅仅是厌恶地冷眼旁观，而是勇敢地站出来帮助孤儿和弱者。他从“国王”和“公爵”的房子偷了钱包，并归还给原来的主人；他还向玛丽小姐揭露了这两个家伙的真面目，并机智地安排了一个惩罚他们的计划。
哈克的旅程真是一次冒险。一次又一次，他带着厌恶或恐惧摆脱了危险和丑陋的现实世界。在小说的结尾，哈克说:
我觉得我得抢在他们两个之前溜到银江人那里去，因为莎莉阿姨要拿我当干儿子，教育我，这是我受不了的。这个味道我尝了很久了。
这种含蓄的结局暗示了哈克与美国传统观念的决裂。
马克·吐温和哈克一样，痛恨当时的社会，但同时又对自由理想的实现抱有一线希望。他曾经在旅途中为哈克和吉姆安排了一个想象中的自由州颂歌，但他也知道这个希望很渺茫，于是就让他们在迷雾中飘过颂歌，一直没有找到这个想象中的天堂。作者处理这一点是明智的。他没有在现实中看到一条自由之路，也没有牵强附会地为他的小主人公展示这样一条路。所以哈克的性格有人情世故的倾向。哈克对现实社会的反抗只能表现为被动的逃避，无奈的隐瞒，而不是强烈的反抗。
值得注意的是，吐温反对自然和社会，并从这个角度批判现实。与《汤姆·索亚历险记》相比，《哈克贝利·费恩历险记》揭示了一个更深更广的社会。但就作者手中批判现实的武器而言，还是一样的。他没有试图从哈克的社会经历中寻找哈克性格的根源，而是将儿童的天性——单纯、善良、向往自由、追求美好生活与扼杀这种天性的文明社会相比较，强调自己的人格并没有被丑恶的环境所腐蚀，并将自己摆脱奴隶制偏见的原因归结为“健全的心灵”战胜了“中毒的良心”。同样，作者把文明世界——实际上是资本主义的现实世界——的本质解读为社会对自然的粗暴腐败和社会道德对人的善良本性的粗暴腐败。因此，作者以浪漫抒情的笔调描绘了密西西比河上的自然风光以及哈克和吉姆在木筏上清新和谐的生活——它象征着自由。同时，他用讽刺和漫画的笔触描述了密西西比河两岸人们的粗鲁、残忍、虚伪和贪婪——它代表了一个文明社会。这种鲜明的对比固然让现实社会更加丑陋，让作者理想中的主人公更加可爱，但也给哈克的形象带来了一些超然的色彩。
在塑造哈克的形象时，马克·吐温采用了多种艺术手法，其中有些很有特色。例如，作品的构思非常独特。吐温继承了传奇流浪汉小说的传统，让哈克扮演一个对文明世界非常陌生的天真烂漫的孩子，让他走进这个世界，一路流浪，用孩子特有的好奇天真的眼光观察这个世界，带着一种对周围一切都不了解的感觉周游这个世界。这样，我们可以通过孩子天真无邪的眼神所反映的场景，巧妙地表达作者对世界的讽刺和批判，也可以反映出主人公是如何在旅行中逐渐熟悉这个世界并认识它的。有美国评论家称之为“一次通向觉醒的教育之旅”，这其实是哈克叛逆性格的自然成熟和发展过程。
作者善于运用对比和对照的艺术手法刻画人物，重视人物之间的互动。哈克和吉姆，小说中最重要的两个人物。他们是两个有着相同的追求自由的理想，却有着不同性格，不同肤色，不同年龄，不同经历的人物。他们之间的异同使他们的性格更加鲜明。随着老吉姆的忠实、真诚和善良，哈克的天真、顽皮和善良更加突出。有了吉姆和哈克的友谊，有了吉姆高尚的人格对哈克的感染，哈克对种族偏见的反抗就更加合情合理，感人至深。哈克的好朋友汤姆在书中是一个次要角色，但他对哈克的性格很有意义。他也是一个善良机智的男孩。与哈克不同，他醉心于武侠小说，一心想要逃离社会现实，追求书中惊心动魄的英雄生活。汤姆的堂吉诃德式的幻想恰恰表现了哈克的桑丘式的清醒。这两个角色都在《汤姆·索亚历险记》中出现过。相比之下，汤姆是《汤姆索亚》中的小汤姆，而哈克是在广泛接触社会后成长起来的。他的思想更天马行空，更务实。他不仅违背了传统的道德观念，还怀疑书本上的神圣信条。
小说是用第一人称写的，整本书都是用主人公哈克自述的口吻写的。哈克一本正经地给读者讲故事，不停地讲自己的感受。这样，他的性格不仅表现在他所经历的一系列事件中，也表现在他自己详细而生动的叙述中。哈克讲故事的语言正好符合他乡下孩子的身份。他的文字朴实幽默，充满了生动的口语和粗俗的俚语，没有丝毫做作的痕迹，表现力极强。就像哈克的人格与文明社会格格不入一样，他的语言也大大违背了文明和优雅的规范。用这种“叛逆”的语言来塑造这个不接受教育的小叛逆形象，再合适不过了。