中西医的争辩断断续续引发过许多次浪潮，持续不休。
中医是一种不同认识论基础上的医学。曾经中国人往往喜欢以“国粹、民族”之名来为自己的观点提供论据，而今天则是反对者往往以“国粹、民族”之名来嘲笑维护传统文化者，即便人家没有任何民族情感的成分，不少被网民称为“喷子”的人劈头盖脸就是一通大帽子盖下来，似乎不挖自家祖坟不足以彰显其高尚、开明。
中医不是人体知识散乱分布、毫无内在关联的这样构成一门学问，而是一套内在联系紧密、网络系统的医学。中医和西医一样，是一套系统完备的医学，完整的具备了“哲学认识论的基础—基础医学理论-人类疾病医学理论-指导治病实践和并能够反馈完善—理论发展”的特点。
从认识论基础开始对比中西医，就会发现二者的最根本的不同。
中西医都有基础医学。西医是解剖、生理、生化等等一系列学科。中医则是黄帝内经。黄帝内经把人体做了定义，定义了中医的基本术语和概念。中西医都用临床基础学科，西医是病理、病理生理、诊断等学科，中医是脏腑经络学说、药物习性、气血理论、温病学说。
中医和西医都有药物学，不同的是对药物的认识，一个是阴阳理论衍生出来的寒热的性质判断，一个是基于不断分解的化学单体。
中医，同临床医生和非临床医学的分工一样，也有作为前端的养生理论和作为后端的康复学。中医和现代医学体系的各个分支可以一一对应，中西医是平行关系而不是附属、分支之类的关系，也不是对立性的关系。
西医的病人治疗、医生培养都有很明显的流水线式的科学特征，而中医的培养依旧只能是师徒体系。中医医生之间的人际关系也不同于科学医生之间关系，中医也不会出现西医中的回扣问题。
病人对中医学的水平评价方法都不同。
看西医就认为“一级医院一级水平”都蜂拥去大城市大三甲医院，因为大医院有资源集中的优势。病人看中医就会相信“中医秘方”，相信一个位于偏远农村的中医医生。
中医很难有严谨逻辑性证据。
因为阴阳概念是模糊的，只能思辨，不能精确数理逻辑。科学一个重要特点就是：凡科学命题必须有明确的检验标准，何时何地何条件必须说清楚。中医的基础无论气血学说、温病，或者经络学说都说不清楚，既不能证实也不能证伪，更无法数值化、无法条理化、逻辑化。所以，中药也不能精确化，中药量都是几钱、少许，误差在“克”量级。而西药常常精确为毫克或微克。
中医理论无法形成严格的数理逻辑体系，带来的后果是一是很难自身内部深层整合，无法与现在的科学体系整合；二是无法把知识模块化。所以中医看病必须回到黄帝内经这个原点进行辨证，而西医则会形成一整套以病理为基础的规范化治疗，这就是科学的“积木”特性，比如勾股定理是一个“积木”，我们直接使用勾股定理来断定一个边长而不需要讨论为什么勾股定理是对的。这就是科学医学的特点：直接使用结论而不还原到基础。
西医明确一个疾病的诊断后，用什么药、用药量的大小是明确的规范，不需要讨论。因此有了“模块化”的认识方式，医生经短期培训快速上岗就成为可能，这个也就是大量中国赤脚医生担负其初级医疗保健任务的合理性。
中医无法是无法“模块化”的，这一特点至关重要。无法模块化就意味着中成药的无效或者是效用范围很窄。西医，用一种化学药物比如伟哥治疗某一种疾病比如阳痿是可以的，因为可以在一个明确病理基础上用科学的方法做出来一系列严谨的证据。但是，用一种中成药或者虎骨来治疗阳痿，是无法做成科学性的证据链条的，因为中药内的化学成分太多，无法在细胞水平进行实验。同样，中药注射液也存在很多问题，如果是单一化学成分尚可以做研究，多种化学成分，而且化学成分比例浓度并不恒定，怎么进行统计分析哪？
二是整体论和还原论。西医认识人体是不断分解的。肉眼把人体分为各个系统、器官，器官再分为不同组织，再用光学显微镜把组织分为细胞，再用电子显微镜把细胞分为分子，再通过物理、化学的方法来研究分子、原子在人体的反应。目前医学科学理论基础和实验基础都是在原子、分子层面的。现在的物理理论已经进化到弦论了，“弦”近似虚空，唯物主义又强调物质无限可分。世界是精神的还是物质的这个并没有公论。又是一个巨大的话题，不讨论了。
听听另一种声音：最严谨的德国科学家说西医是伪科学，中医才科学。
Manfred Porkert（汉名满晰驳）是一位德国汉学家，西医学者、中医学者，它几乎和李约瑟齐名，精通东西方科学。李约瑟说过，现有的科学不是过去科学的审判台，因为它的发展还远远没有到头！而满晰驳则说，西医才是伪科学，中医才是真正的科学。
满晰驳模模糊糊地认识到了中医的科学性，当然也是他亲身实践得来的。比如，有一年外出受寒，肩膀疼得很厉害，下飞机后胳膊都抬不起来了。开始时用西医方法治疗，很久不见效果。后来我改用艾灸，三次就完全恢复了。1989年，他又患了膝关节炎，西医先让服用可的松，没有效果，后来建议动手术，换金属关节。一位姓周的中医师给我推拿、针灸，配中药吃，不到六个月，彻底好了。两年前，他的眼睛视物模糊，西医说是中心性渗出性视网膜炎，没有办法治，搞不好会失明的。读书人眼晴失明是最可怕的事，他用中医方剂学里的伏兔丹和六味地黄丸为基础，做成药粉来吃，几个月后就好了。现在他73岁了，视力1.5。
正是亲身实践和长年对中医理论的研究，满晰驳才不断在全世界宣传中医。他当过德国慕尼黑大学东亚研究所所长，创办过“国际中医社团”，开展专题研究，并多次在世界各地举办学习班、报告会、学术交流会。数十年里，矢志努力，耕耘不懈。其编著出版的中医图书有：《中医临床药理学》、《中医方剂学》、《中医针灸学》、《中医论断学》、《中药学》、《中医基础理论》。其中《中医基础理论》一书风靡欧美，使西方人对中医有了全新的认识。?
对中医在中国的发展，满晰驳则很不满，作为中医的发源地，人们不是想方设法宣扬中国传统文化，相反，主流的科学界却是欲除之而后快，这使中医在中国持续地走向衰落。虽然中医药在中国受到国家有关部门的重视，但人们对中医学的科学原理认识不够，甚至还有许多中医们对此还表示怀疑，这是中医发展不起来的主因。
总之，中医作为中华民族实践经验的一部分，可以将其纳入人文领域，研究其历史文化意义，扩充中华民族的文化内涵，但用在治病上，还是要以现代医学为主，中医西医本身就不是地域对立的两个词，中医属于现代医学之前的产物，现代医学（西医）是科学的产物，完全是两个性质。在未经现代科学研究其中草药的有害性以及作用之前，要慎用！