弟弟：西蒙（1992年1月1日生）
妻子：莉莎（2008年开始交往，2009年夏天订婚 公证处：慕尼黑伊斯曼宁 ）穆勒认识丽莎时，还是个预备队球员。有一次，穆勒的队友巴德和女朋友琳娜吵架，巴德拉上穆勒助阵，琳娜邀来丽莎助阵。穆勒和丽莎为了替各自的朋友出气，甚至吵了起来。丽莎表示，他们当时都有点儿恨对方，从此再无往来。与丽莎相恋时，穆勒还是个刚签完合约的二队队员。丽莎告诉他：“你一定能成为职业球员，一定能成为国家队队员。”丽莎是一位出色的骑师和驯养员。当丽莎在马厩里忙活的时候，穆勒也会亲切陪伴，“我一般就是在旁边站着看，别显得太傻就可以了”。
2009年，两人低调完婚，几乎每场比赛丽莎都会到场观战，穆勒最爱的庆祝进球动作，便是向妻子所在的看台飞吻。丽莎说，对她而言，穆勒依然是那个风趣幽默的普通人，从未变过。幽默是这对小夫妻爱情保鲜的秘诀。穆勒说：“她会和我一起在家放声大笑，我们俩很擅长在家里找乐子，虽然我不清楚幽默感在我追她的过程中起了多少作用，但肯定是有用的。”
拜仁社交王：德国《图片报》对拜仁慕尼黑众球星的facebook粉丝数量做了排名，其中穆勒名列榜首。根据此榜单，德国国脚穆勒拥有拜仁队中最多的facebook粉丝数量，超过490万，他个人主页更新的频率在拜仁队中也是最快。在一次采访中穆勒对《图片报》透露过，网页上的内容都是他自己更新的。