上消化道出血、穿孔、幽门梗阻和癌变是溃疡病的四个主要并发症。
上消化道出血是溃疡病最常见的并发症，大约1/3的患者有出血史，其中十二指肠溃疡患者比胃溃疡患者更易发生出血，出血速度缓慢或量较小患者主要表现为解黑大便（柏油样便或咖啡色便）或大便潜血试验阳性，出血量多且急时则表现为呕血，随后即可出现柏油样便。
当溃疡病灶向深部发展并穿透胃壁或十二指肠壁时则发生穿孔，穿孔后胃、十二指肠的内容物可能渗入腹腔引起急性弥漫性腹膜炎。需进行外科手术修补。
幽门位于胃和十二指肠的交界处，是胃的出口。幽门梗阻多发生于十二指肠球部或幽门溃疡，由于溃疡周围组织炎症、充血和水肿或反复溃疡发作，局部瘢痕形成和收缩，使幽门排出道狭窄。表现为上腹部饱胀不适，餐后加重，频繁呕吐，呕吐后可缓解，呕吐物为未消化的食物。
有少部分的胃溃疡可以发生癌变，而十二指肠溃疡则很少癌变。