一，文官集团势力过大，皇权受到抑制。
事实上严嵩死后，大明的文官们一直是铁板一块，皇帝再也无法分化，控制，万历不上朝，正是基于此，万历上朝是那回事，不上朝还是那回事。这些信奉理学，心学的文官们有着类似宗教似的狂热，鄙视一切非科举出身的人员，他们把持朝政，压抑皇权，为了他们的信仰与教条不怕流血牺牲，其直接结果是皇帝也无可奈何。外加上只知空谈，放炮的海瑞给他们树立了楷模。一旦皇权受到抑制，那么国家制定的政策不是从全局考虑，而是从文官集团的利益考虑，也就是从资产阶级的利益考虑，大明的文官集团正是明末江南资产阶级的代表。由于明太祖出身寒苦，深知民情，加上明朝初年经过战乱后，百废待兴，所以太祖与民休养生息，其直接结果就是明朝赋税一直很低(黄仁宇观点)，商业税更低，所以明朝财政一直很困难。
明初的时候为什么打仗，水利，赈灾朝廷都有财力，但到了明末就不行了?因为明末农业占国民经济比重降低，商业占国民经济比重增加，而税收仍然是以农业税为主，到了崇祯朝，打仗没钱，赈灾没钱，而江南富商巨贾一掷就是几十万两，上百万两，皇上想增加赋税立刻遭到大臣们的激烈反对，明末时期商业发达，商人从海外贸易中赚取巨额资金，由于东林党的阻扰，商业税却无法提高。万历朝实在没办法，于是开征矿税，结果大臣们唆使地方官杀税使，由此可时见一斑。如果皇权强势，财政充裕，那么可以在北方兴修水利，这样到了灾年也可以应对。所以，那帮空谈误国，祸国殃民，自以为是，打击报复，只知逃税的东林党绝对是大明朝的奸臣，而打击东林党的魏忠贤绝对是大明朝的贤臣，对的起自己的名字，魏忠贤死后，东林党重新掌权，商业税罢。我的观点是，皇帝应该减少任用富庶省份的官吏，尤其是有士绅背景的官吏，这样制定的政策才能从全局考虑，才能够在全国的范围内进行资源的调配。
二，明末经济制度的超前发展。
中国古代为什么重农抑商，因为气候，河流，地理的因素决定了我国是个农耕国家，不像欧洲以商业为主，所以我国大部分人口是农业人口，这就决定了粮食生产安全是中国古代的第一要义，没了粮食，百姓就要造反。中国古代重农抑商，禁止海外贸易，正是为了限制农业人口从事非农行业，导致粮食减产。
而明末，江南大规模种植经济作物，海外贸易活跃，大批的农业人口进入手工业或从事海外贸易，而张居正的赋税改革使得实物税转变为货币税，人们不生产粮食也可以交税。江南大规模种植经济作物的后果就是江南人口的口粮需要湖广供给，到了明末战乱时候，江南富商们有钱买宅子，买地，却买不来粮食，清兵南下后，南方四镇的二十万精兵因为没有军粮，全部投降清兵，政府无粮，征兵也困难。南方粮食姑且紧张，那么北方遇到了那么大的灾情，可以说天下已无粮赈济，设想，如果江南加大粮食生产，提前数年调运粮食储备于北方各省，到了灾年，开仓赈济，情况是不是要好很多。
三、再来谈谈张居正的赋税改革。
张居正的赋税改革使得明朝往商品经济迈了一大步，但正是张居正的赋税改革使得明末商品经济过渡发展，从而导致明朝的灭亡。在张居正的赋税改革以前，农民收割完了粮食就可以交税，但赋税改革后就不行了，还要拿市场上去卖，换了钱再交税。而收割粮食和卖粮食的季节都一样，大家都卖粮食，粮商就会趁机压价，等于农民又被盘剥一次，变相的加重了赋税。江南这些地方还好一些，因为这些地方银子多，经济外向型大，还可以种植利润大的经济作物换钱，西北这些缺银，经济内向型的地方就更严重，农民为了换钱受的盘剥更大，所以除了灾荒外，农民起义为什么在西北爆发，这也是一个很重要的原因。再加上前面说的，张居正的赋税改革等于是鼓励种植经济作物而不种植粮食，所以导致大明王朝灭亡的不是李成梁，不是万历，天启，崇祯，魏忠贤，而是张居正，这位大明王朝的第一能臣，历史有时候就是这么诡异。
一个以农业为基础的国家，由于商业的过渡扩张，耗尽了帝国的资源，最终搞垮了这个帝国。