1、Vol.3 File.7《来路不明的赠礼》～File.10《千钧一发》（总File.26～29）
即对应动画为TV 7《每月一件礼物威胁事件》
柯南看到的小川先生食指前端有类似线状的痕迹，推断他是外科医生，让小兰联想到了新一（“云霄飞车杀人事件”中的表现），接着便密切地观察着柯南，之后又套柯南的话。
柯南请阿笠博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人。
2、Vol.4 File.6《倒数十秒钟》～File.7《意外的藏宝图》（总File.36与37）
即TV 5《新干线列车爆炸事件》
柯南为了阻止列车爆炸，想告诉小兰真相。后被小兰追问，柯南辩称自己是假面超人。（TV 版进行了改动，最后由侦探团几人用玩笑话解围）
3、Vol.14 File.1《照片为证》～File.4《落叶缤纷中的质问》（总File.131～134）
即TV 96《走投无路的名侦探！连续两大杀人事件》
柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和魔术师九十九元康的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。
当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈（有希子）出现了，有希子帮柯南撒了谎，说柯南是自己的亲戚，使小兰信以为真了。最后有希子的一句：“当时那女孩笑的有些怪异。”，优作的“小看女人的人是要吃亏的！”话，暗示出小兰并不是真的相信柯南≠新一。
4、Vol.21 File.4《最初的招呼》（总File.204）
即TV 162《飞天密室 工藤新一最初的事件》
刚上飞机的柯南就睡着了，小兰为他摘下眼镜，并且看着柯南的脸时笑了，回想起了一年前和新一坐飞机时发生的案件，这也是新一独立解决的第一个案件。
这个细节隐藏比较深，细细品味的话，这时小兰已经怀疑（或者说确定）柯南身份了，看到柯南的脸回忆起新一的事情也就是很自然的了。（动画版中没出现这个情景）
Vol.23 File.8《这就是真相》（总File.229）
即TV 174《二十年的杀意 新佛尼号连续杀人事件》
小兰从相处中逐渐发现柯南就是新一，当时在甲板上说的：“不要丢下我一个人……”可以体现出来。（动画中这个画面被淡化了，不过之后经常回忆起）
Vol.25 File.1《不合群？》（总File.243）
即TV 172《复活的死亡讯息（前篇）》
当小兰和园子问柯南会不会滑冰时，柯南假装摔倒，小兰觉得很假；案发时，柯南听到园子的尖叫，很快地溜向了案发地点，看着柯南溜冰的模样，兰再次产生了疑惑。
Vol.25 File.9《负伤的侦探团》与File.11《确信》
Vol.26 File.1《迷茫的心》～ File.5《休息片刻》（总File.251～260）
即TV 188～193《危名的复活》系列★
小兰基本发现柯南就是新一。因而不愿与柯南一块洗澡，并且知道柯南血型与自己相同。灰原制造出解药，而自己假扮成柯南，让“柯南”和新一同时出现，打消了小兰的顾虑。
（这次前后跨度较长，包含整个起疑、疑惑加深、基本确定、疑惑解除的过程）
5、Vol.46 File.11《疑惑的邮件》
Vol.47 File.1《疑惑的推理》～File.4《解开锁定》（总File.479～483）
即TV 398～399《奇妙一家的委托》
TV 400《心存疑惑的小兰》
兰发短信给新一，但柯南的手机却在这时响了起来，看着柯南一系列慌张的表情，兰再次怀疑柯南就是新一。
在之前柯南就把博士和自己一样的手机借来把手机链换了，让兰研究博士的手机，然后再用新一的手机打电话给兰（放录音），同时让柯南出现在小兰面前，解决了兰的疑惑。
6、M 3《世纪末的魔术师》
因为柯南说了自己的生日在5月4日，让兰联想到了新一的生日也是5月4日，柯南在洞中救兰时，兰又感觉到了新一，所以怀疑他是新一。
当小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南准备告诉她真相时，基德装扮成新一的样子出现，为柯南解了围。
7、其余未确定的怀疑：
Vol.66 File.8《附身符夺回大作战》（总File.693）
即TV 573《难为情的护身符的去向（前篇）》
小兰怀疑新一有没有碰过平次的护身符，而碰过的应该是柯南，虽然和叶说平次在什么地方借过新一，不过小兰笑得很诧异的，感觉不相信和叶的解释的。
而小兰在潜意识中已经形成柯南一定能发现线索和犯人的印象。感觉小兰已经开始怀疑柯南的真实身份了。（可能是在为以后的剧情做铺垫）
M 15《沉默的15分钟》的情节不必我多说，也许这也是铺垫，但是因为剧场版之间，剧场版与原作之间基本是独立的，所以小兰发现的可能性不大。
另外在最新的漫画File.794《遗传信息》中，小兰说道：“DNA鉴定可是很厉害呢！以前通过唾液只能够验出血型，现在一下子就能知道是不是本人了！那么即使是乔装打扮骗过大家眼睛的人，也会立刻被拆穿了呢！”最后一句小兰是看着柯南说的，而且柯南变成豆豆眼，所以很多人都认为这句话很可能成为小兰开始怀疑柯南身份的暗示。
对于你所说的“危命的复活”系列中小兰为什么会怀疑柯南的身份，应该和之前剧集相联系，发现小兰其实在之前已经有怀疑的迹象了。
P.S.：345集里，小兰是怀疑茱蒂老师的身份，所以才会躲藏在她车子的后备箱中。这集中没有她怀疑柯南的情节出现。