6世纪，起源于今天波兰南部的斯拉夫人与阿瓦尔人结盟，而后于6世纪和7世纪在东南欧开始共同入侵东罗马帝国，并在萨瓦河和亚德里亚海之间的土地定居。[2]其后更多的南斯拉夫人第二波入侵该地区，据部分学者认为，是东罗马帝国皇帝希拉克略请他们来驱逐达尔马提亚地区的阿瓦尔人。斯拉夫部落入侵的同时也带来了他们的信仰，这些信仰曾和土著居民伊利里亚人信仰的东正教并存。[来源请求]在接下来的几个世纪内，波斯尼亚以及黑塞哥维纳地区多次分属周围的各个国家。
1377年时特弗尔特科·科特罗曼尼奇（Tvrtko Kotromani?）建立了一个独立的波斯尼亚王国。在1391年科特罗曼尼奇逝世后，波斯尼亚就进入了一个漫长的衰落期。1463年时奥斯曼帝国入侵，波斯尼亚被并吞。
奥斯曼帝国的占领标志着波斯尼亚的历史进入新的时期，它给该地区的政治和人文景观带来了巨大变化。奥斯曼帝国占领波斯尼亚后允许其以奥斯曼帝国单一省份的身份保留波斯尼亚以前的地位，并且该省使用波斯尼亚这个地名，还享有奥斯曼帝国吞并而来的波斯尼亚领土形成的完整版图，这在奥斯曼帝国占领的巴尔干国家中可是特例。
在奥斯曼帝国统治时期，以武力、宗教人头税等方式迫害当地塞尔维亚人和克罗地亚人。并规定，凡是穆斯林，可进入上层社会；农民如改信伊斯兰教，可免交某些捐税。