中大通三年（531年）三月，游后池，乘船摘芙蓉，姬人荡舟，落水后被救出，伤到大腿，未及即位而卒，谥昭明，世称昭明太子，葬于安宁陵。有子萧欢、萧誉、萧詧、萧譬、萧鉴。
天正元年（551年），侯景立豫章王萧栋即位，追尊萧统为昭明皇帝。大定元年（555年），其子萧詧建立西梁，追尊萧统为昭明皇帝，庙号高宗。
肃统因受伤而死，与他的性格有很大的关系。肃统性格随性，喜欢放浪形骸。他当时已经四十多岁了，但是还是像年轻人一样在游湖的时候摘荷叶，然后不慎掉入了水中。大腿被划伤了。
萧统在受伤后，当时梁武帝萧衍请了很多名医来为萧统治疗,但是这些名医面对萧统的症状一点办法也没有。萧统的症状是在里面的，而当时中医是治疗外伤的，因此，萧统的病根本无法治疗。
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在历史上，也有一些重要人物因为意外死亡，萧统就是这样。如果没有这次意外，萧统也许是一个长寿的人，但是因为这次意外，萧统只活了四十多岁。
萧统做了四十多年的太子，最终没有当上皇帝就去世了。萧统的死与他自己有关，如果他不是这么放浪的人，在年纪很大的时候还去湖里嬉戏，他就不会出现这样的意外。萧统的死与李白的死很像，李白也是掉入湖中死亡的。
萧统极富同情心。他十二岁时，去观看审判犯人，他仔细研究案卷之后，说：“这人的过错情有可原，我来判决可以吗?” 刑官答应了，于是他就作了从轻的判决。事后，刑官向梁武帝萧衍汇报了情况，萧衍对他表示嘉许。
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