根据患病儿童进食情况、临床表现症状和必要的实验室辅助检查资料，判断患儿是胃动力减弱引起的功能性消化不良，或是由于幽门螺旋杆菌感染引起的胃炎、消化性溃疡导致的消化不良症状。如果是胃肠动力减弱引起的功能性消化不良可以选用增加胃排空的药，抵抗胃酸或是抑制胃酸分泌的药。如果患儿有幽门螺旋杆菌感染，需要进行幽门螺旋杆菌的根除治疗。
1.增加胃排空的药物：甲氧氯普胺，有较强的中枢止吐作用，可以增强胃动力。吗丁啉（又名多潘立酮）明显改善患病儿童餐后饱腹胀满、吃得很少就饱等情况。枸橼酸莫沙必利也有同样的功效。
2.抵抗胃酸或是抑制胃酸分泌的药：此类药物临床应用较为广泛，对于烧心，反酸，缓解腹痛有明显作用。抵抗胃酸的常用药有复方氢氧化铝、铝碳酸镁、碳酸钙混悬口服液等。抑制胃酸有两种，一种是H2受体拮抗剂，如：雷尼替丁、西咪替丁、奥美替丁、法莫替丁等；还有一种是质子泵抑制剂，如：奥美拉唑，兰索拉唑，雷贝拉唑等。
如果检测发现消化不良表现与幽门螺旋杆菌感染有关，要做根除幽门螺杆菌的治疗：、阿莫西林、克拉霉素，甲硝唑，铋复合物，质子泵抑制剂，需要联合用药，质子泵抑制剂加两种抗生素，疗程7-14天的三联疗法是目前最佳的治疗方案。