因为司马曜在一次酒后对他的宠妃开玩笑说要把她打入冷宫，然后再去物色年轻女子当他的妃子，结果，这个妃子起了杀心。在司马曜睡着之后用枕头捂死了他。
司马曜据说是在黎明出生，所以字昌明。他是司马昱的第三个儿子，简文帝司马昱坚持让他继承皇位，因为当时桓温统治了整个王朝，桓温以为司马昱会把王位给他，没想到司马昱会把王位给儿子司马曜，让他做辅政大臣，于是才把司马曜放在了皇帝的王位上。
司马曜登基时才十二岁。第二年七月，国务大臣桓文温因病去世。公元376年，司马曜才正式成为皇帝，他任命谢安为辅佐大臣，谢氏兄弟和侄子谢玄他们都是非常有才华的军事家。他们也忠于司马曜，对司马曜的帝位稳定起到了重要作用。
但是司马曜并不关心国事，也没有皇帝的样子，他提倡黄老哲学，每天过着安逸的生活。同时他开始怀疑谢安叔叔和他的侄子，担心他们会对他的地位产生影响，于是就叫他的兄弟司马道子去做坏事。司马道子又贪婪又狡猾，他与小人勾结，到处与谢安叔侄作对，后来谢安被他们排挤，不久就去世了。
有一天，司马曜和他最爱的小妾张贵人喝酒，司马曜喝醉了，他跟张贵人开玩笑说，张贵人老了，他想把她关进冷宫，但是因为前几天有两个小妾被扔进冷宫，张贵人害怕失去宠爱，所以听了之后她杀了司马曜。