I am sorry, I know you were so bored that I shouldn't have joked with/on you.
补充解释：
1. bored 既有无聊的意思，同时也有烦闷的意思在里面；bored 是某人自己感到厌烦，boring 是令人厌烦的，所以用bored可以。
2. so... that 是指：如此...以致，用于该句中潜在的表现了前后的因果关系，因为你很烦，所以我不该。
3. shouldn't have + 动词的过去时态，表示这件事情已经做了，但本不应该做。
pest 是名字，指令人厌烦的人或物，用在这里不恰当。
句子：I'm sorry, I should not joke with you. 意思是指：对不起，我不会和你开玩笑的。因为should not是指不应该，但表示的是将来不会，时态不对。另外该句也没有表达“你很烦”的意思在里面。
补充说明不为别的，只希望楼主得到最正确的表达，我的表达也不一定是最好，肯定还有更好的，相互学习，***同进步吧。