石头里蹦出来的。当然，这不是开玩笑。《淮南子》里有记载。
《淮南子》记载：
禹治鸿水，通轘辕山，化为熊，谓涂山氏曰：“欲饷，闻鼓声乃来。”禹跳石，误中鼓。涂山氏往，见禹方作熊，惭而去。至嵩高山下，化为石，方生启。禹曰："归我子！"石破北方而启生。
翻译：
大禹治水时，为了在轩辕山打出一条疏洪泄流的通道，他化为一头神力无比的大黑熊。他顾不得回家，便对妻子涂山娇说，以击鼓为号，把饭送到山上。正干的起劲时，一块劈山崩裂的石头误触皮鼓，禹妻闻听鼓声，连忙前往送饭，见到自己的丈夫变成一头大熊，她感到非常羞愧，连忙跑开。到嵩高山下时，受到惊吓的涂山娇突然化为石头，而此时涂山娇已近分娩，大禹大声呼唤着妻子和将要出生的孩子，巨石突然开裂，从中蹦出一个婴儿，这就是禹的儿子启。
当然，这是神话传说，不足为训。儿子怎么来的，由于史料的缺乏，有待进一步的考证。