一、指代不同
1、系统解剖学：是按照人体的器官系统（如运动系统、消化系统、呼吸系统、泌尿系统、生殖系统、内分泌系统、循环系统、感觉器官和神经系统等），分别加以叙述的人体解剖学。
2、断层解剖学：是用断层方法研究和表达人体正常形态结构及其基本功能的科学。
二、特点不同
1、系统解剖学：是医学科学中一门重要的基础课程。
2、断层解剖学：以密切结合断层影像诊断和介入放射学治疗为其主要特征。
三、优势不同
1、系统解剖学：系统解剖是最基础最根本的解剖学。被誉为医学基础课程的基础。
2、断层解剖学：能在保持机体结构于原位的状态下，准确地显示其断面形态变化及位置关系；可通过追踪连续断层或借助计算机进行结构的三维重建和定量分析；密切结合影像诊断学和介入放射学，是断层影像技术对疾病作出诊断并进行介入性治疗的形态学基础。
百度百科-断层影像解剖学
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