一、印花税计税依据纳税争议的问题
总公司和分公司内部材料调拨，是否需要贴花？总局]9号规定，对于企业集团内具有平等法律地位的主体之间自愿订立、明确双方购销关系、据以供货和结算、具有合同性质的凭证，应按规定征收印花税。对于企业集团内部执行计划使用的、不具有合同性质的凭证，不征收印花税。依据上述规定，总分公司之间、分公司之间签订的符合上述规定的购货单、订货单、调拨单等应该按规定缴纳印花税，但对于内部执行计划使用的、不具有合同性质的凭证不贴花。
二、土地使用权价值是否计入房产原值纳税争议问题
（一）财税[2010]121号规定，“对按照房产原值计税的房产，无论会计上如何核算，房产原值均应包含地价，包括为取得土地使用权支付的价款、开发土地发生的成本费用等。宗地容积率低于0.5的，按房产建筑面积的2倍计算土地面积并据此确定计入房产原值的地价。本通知自发文之日起执行。此前规定与本通知不一致的，按本通知执行。”
（二）财税]152号规定，“对依照房产原值计税的房产，不论是否记载在会计账簿固定资产科目中，均应按照房屋原价计算缴纳房产税。房屋原价应根据国家有关会计制度规定进行核算。对纳税人未按国家会计制度规定核算并记载的，应按规定予以调整或重新评估。”
三、房产税的纳税争议纳税争议问题
（一）关于房产税若干具体问题的解释和暂行规定：
关于房屋大修停用期间，可否免征房产税？
房屋大修停用在半年以上的，经纳税人申请，在大修期间可免征房产税。
关于纳税单位与免税单位共同使用的房屋，如何征收房产税？
纳税单位与免税单位共同使用的房屋，按各自使用的部分划分，分别征收或免征房产税。
关于基建工地的临时性房屋，应否征收房产税？
凡是在基建工地为基建工地服务的各种工棚、材料棚、休息棚和办公室、食堂、茶炉房、汽车房等临时性房屋，不论是施工企业自行建造还是由基建单位出资建造交施工企业使用的，在施工期间，一律免征房产税。
但是，如果在基建工程结束以后，施工企业将这种临时性房屋交还或者估价转让给基建单位的，应当从基建单位接收的次月起，依照规定征收房产税。
关于房产出租，由承租人修理，不支付房租，应否征收房产税？
承租人使用房产，以支付修理费抵交房产租金，仍应由房产的产权所有人依照规定缴纳房产税。
四、企业将自有的房产作为员工宿舍免费提供给员工居住，对此部分房产是否征收房产税？
（一）纳税人发生的房产评估增值部分是否应当缴纳房产税？
房产税现行条例规定，房产原值是指纳税人按照会计制度规定，在账簿“固定资产”科目中记载的房屋原价。财税[2008]152号规定：“房屋原价应根据国家有关会计制度规定进行核算。”房产评估增值是否征收房产税，关键在于房产评估后，企业是否应当进行账务调整。根据国家有关会计制度的规定，纳税人除发生资产重组以及确认投资性房地产等少数情形外，房产的会计核算应当遵循历史成本原则，纳税人不得因房产增值（或减值）而随意调增（或调减）房产原值。因此公司为了取得银行贷款而进行房产评估所产生的增值，不得进行账务调整，房屋增值部分不用缴纳房产税。
（二）关于无租使用其他单位房产的房产税问题
财税128号规定无租使用其他单位房产的应税单位和个人，依照房产余值代缴纳房产税。