南明迅速崩溃的原因之一：郑芝龙水师不能协防长江防线。南京处于长江转弯处，它的地形很特殊，城的北面和西面是长江，长江正好形成一个90度的直角构成了南京城市北边和西边的两道天然城墙，东面和南面则是面积达上千平方公里的低矮的丘陵和平原地带。北面和西面的长江在南京这一段非常宽阔，宽达到1500米，也就是1.5公里，水深15米到30米，最深有70米，水流也较快，每秒有3米。一旦打起仗来，南京政权想要自保，就一定要控制长江的制江权。如果南京政权无法控制长江，就等于将自己北方大门交给敌人，那么南京是绝对守不住的。
南京的南面，东面都是低矮平原丘陵山岗地带，以南京为中心画一个圆，在长江以南半径150公里之内根本无险可守。东面从南京直到镇江，江阴，无锡的100,200公里内都是平原地区，只有一些小河小湖。南面的溧水，溧阳，马鞍山，芜湖的地形和东面也差不多，100,200公里内根本没有适合防御的地形。南京自古以外的敌人基本都来自两个方向，一个是北方，一个是西方和南方。其中如果单纯从北方入侵南京，倒是不太容易成功。为什么呢？主要就是因为南京北方有一个天然障碍长江。南京长江宽达1.5公里，古代采用木帆船自然需要更久的时间，遭遇风雨天气还要封江的。南京历史上作为首都的朝代有很多，但真正从北方杀过来的敌人是极少的！如果单单从北方进攻南京，其实进攻一方并不有利！历史上南京附近曾经有成功防御超强敌人的先例，这个敌人就是强大的金军。当时完颜亮率领60万金国大军南下试图灭南宋，一路沿着海路南下，但在山东沿海被南宋海军大败，几乎全军覆没。见从海路进攻浙江杭州不成，完颜亮决定从陆路和内陆江河进攻，那么就必须渡过南宋赖以防守的天险长江。当时完颜亮过于轻敌，他选择在南京附近的马鞍山渡江。结果南京附近正聚集着南宋最强悍的一支水军，他们在南宋书生名将虞允文率领获得采石之战的大胜。采石之战大败以后，完颜亮还不死心，随即转军到扬州附近试图在此处渡江，又被南宋水军逼近水寨击败。完颜亮愤怒之下下达了三天不过长江，高峻军官全部斩首的命令，同时下达了士兵逃亡杀其战友的连坐法。
金国官兵忍无可忍，随即发动叛乱。完颜亮被乱箭射死，他雄心勃勃的南侵也就完全失败了。为什么从北方进攻不容易成功，甚至像完颜亮这样有60万大军都不行呢？ 因为南京的北面是长江，从北面打过来想占领南京就必须歼灭南京政权的水军。可惜这又谈何容易，既然这个政权定都南京，而南京城门外几百米就是长江，这个政权不管再弱智低能，也肯定会极为重视水军的建设。北方的湖泊河流不多，从北方而来的敌人水军不可能很强大。而且即使有强大水军，也很难到达长江。拿完颜亮为例，其实他在北方也有水军，但从海路走被歼灭在海上，走大运河又因为梁山泊是枯水期，大船无法通过，所以他的水军主力到不了长江。海陵王完颜亮虽然有精锐的女真步军马军，但这些部队对于突破长江没有任何帮助。而金军能够到长江作战的水军，无论数量质量都远不是南宋水军的对手。金国在长江作战的水军都是平底小船，速度慢，抗风浪能力差，装备的水战武器也相当落后。南宋水军则有当时世界上最适合水战的坚固海鳅船（鲸鱼船），体积大，操纵性能好，速度快，不但装备大量海战武器，更可以轻松撞沉金军舰船。同时南宋还使用了当时最先进的水战武器霹雳炮，也就是发射火药弹的投石武器，之前的海战更是使用了火药武器火箭，这都是当时最先进的海战武器。打不败南京政权的水军，北方打过来的敌人就无法攻陷南京。
所以单单从北方攻击南京的入侵在历史上少之又少，而大部分都是从西面，南面沿着长江杀过来的。虽然在南京附近渡江不容易，但湖北境内的长江中游地段是比较容易渡江的地区。这一段水流较慢，滩涂较多，又有很多登陆点，防守一方很难面面俱到，这些都对进攻一方有利。加上湖北离中原地区平原地形的河南省近在咫尺，北方骑兵几天内就可以突破中原的防御杀到长江边。所以古代北方侵略者多从湖北境内强渡长江，然后乘船沿着长江东进北上或者水陆同时进军，从西面，南面进攻南京，将城中守军击破。那么主战场其实就不在南京，而是在湖北境内了。如果湖北的战役能够获胜，南京就没有危险，如果湖北作战失败，南京特殊地形决定它无法抵抗从西面西南面的敌人，失败也就是必然的。
这种例子历史上有很多，比如蒙古人攻打南宋时期的荆襄鏖战，清军攻打大明时期在湖北击破明军和农民军，还有三国时期的几次湖北大战。 当年三国时期的曹操率领几十万获胜之师南下灭东吴，周瑜率领5万精兵在湖北赤壁市和曹军决战。曹军虽然步兵马兵强大，但水军不是吴军对手，最终遭受惨败，水军全军覆没，陆军也损失惨重，这也是著名的赤壁之战。由此曹魏直到灭亡之前，几十年内再也无法消灭东吴！而反例是吞并蜀国成功的晋军主力出动六路军队灭掉东吴。当时晋军水军主要从湖北安徽一线沿着长江东进南京。东吴水军在湖北安徽境内和其决战，却接二连三的大败，布置的拦江铁索和江底的铁锥也没有发挥作用，从而完全失去制江权。接着晋军的水军直开到南京附近，吴国统治者孙皓虽然还有一部分军队，无奈从军事上已经无法守住南京。
他见大势已去随即投降，结束了辉煌的三国时代。而后来的太平军也是和晋军一样，只是他们是从南面的湖南先攻占湖北的武汉，然后几十万军民沿着水陆东进攻占清朝两江总督府所在地南京，由此在此定都13年。所以说，从北边攻打南京不容易，因为击破此处南京政府的水军比较困难。那么从西边和南边沿着长江攻占南京相对比较容易，因为此时决战地点其实就不在南京，而是在湖北安徽。一旦入侵敌人能够在湖北占据制江权，那么南京就很难守住，因为南京附近其实只有长江作为天险，敌人控制长江那么南京也就无险可守。
历史上从东面进攻南京的先例不多，因为南京东边200多公里以外就是大海，在古代自然不存在敌人。不过一旦有这种的进攻，南京就很难守住。因为从东面进攻南京，从军事上来说，南京是最无法防守的。如果从北边西边南边进攻南京，长江就成为南京的天然保护，必须击败南京的水军才有可能取胜。如果敌人从东边进攻南京，如果入侵者有强大水军自然最好，如果没有也无所谓，甚至可以不用理会水军，完全从陆路进攻。此时对于防守南京一方来说，长江的作用就正好相反，不再是天然屏障，而是南京守军撤退和运送增援补给兵员的最大障碍。由于南京附近地形不适合防守，守军就会处于一个很不利的地位。想要守住南京，就必须集中比敌人强大的部队进行陆地决战，而且决战地点只能选在南京外围至少50公里以外，因为南京城附近地形更不适合防御。南京城外十几公里处除了紫金山以外，只有几座小山坡或者说小山岗，这种地形对防守一方来说没有任何意义，因为山太矮，敌人骑兵都能冲的上去。这些地形对于防守一方没有意义，对于进攻一方却不同。
由于南京城内地形普遍比城外要低的多，反而一旦进攻的敌人占领了这些小山小岗，却能以这些高地向城中攻击，形成对城内远程攻击的最好火力点。所以从一般军事角度考虑，而万一外围决战失败就必须立即放弃南京撤退，历史上从东面攻占南京成功的例子也有一些，但多是近代的事情。南京内城城墙东傍钟山，西据石头，南凭秦淮，北控后湖，周长35.267公里，现存基本完好的明城墙23.399公里，是世界上现存最长的古代城墙，是中国少有的保存良好的古代城墙，是南京现存最大的古代建筑。这个城墙在冷兵器时代是绝对的杀手锏，任何部队都很难攻打进去，后来清军攻击南京，南京的守将目睹扬州大屠杀没有敢于抵抗开城投降，不然的话也会有一场血战。对于南京这种地形，古往今来的有识之士很清楚。所以南宋并没有在南京定都，因为当时金军太强大，南宋一路溃败逃过长江，战斗力已经大受打击。所以宋高宗赵构怕南京是守不住，反而离长江较远的杭州安全得多，将首都定在了浙江。而在南京定都的朱元璋也深知南京防御能力的薄弱，明军除了大建水军控制制江权以外，为了增强南京的防御能力，花费21年之久和巨额资金修建了长达30多公里的南京城墙。南京城墙非常坚固，仅次于西安古城墙。这堵高20米，款15米的城墙在古代可谓极难攻破，可惜进入火药时代以来就不行了，不可能长时间防守。当年太平军用几千斤黑火药埋入地下炸塌了南京凤仪门城墙一段，最终冲入城去。所以南明坚持抵抗的关键在于长江水师能否掌控制江权。