故事从反派斯莱特被忍者神龟彻底打败后开始:纽约恢复了往日的宁静，斯普林特先生(澳门)为了增强这支地下护卫队的战斗力，将四只神龟中最熟练的达芬奇送到南非学习忍术。没有坏人作恶，乌龟似乎没什么用处。达芬奇走后，三兄弟过着枯燥的生活:米开朗基罗靠扮成乌龟的小丑在生日聚会上制造气氛赚取生活费；发明家爱因斯坦躲在地下世界当技术员；当海龟们不再施展神力的时候，一个蝙蝠侠式的义务警员出现在纽约，维护公共秩序。其实他是四只乌龟中正义感最强的拉斐尔。
斯普林特公司把达芬奇送去深造。初衷是想用一个强有力的领袖来凝聚海龟们的力量。于是，忙于杂务的海龟们变得越来越陌生。骄傲的拉斐尔不相信达芬奇能承担这个责任。最后，当拉斐尔坚持要独自执行任务时，一场争吵爆发了，为生活而奋斗的好兄弟反目成仇。
坏人总是利用这段时间。百万富翁马克斯(帕特里克？Stewart)在健康的外表下有着可怕的野心:他专心收集世界各地的神秘文物，实际上是想利用这些祭祀器皿，在行星位置产生幻象时，召唤来自远古时代的邪恶力量，并指示一支由怪物和机器人组成的恐怖军队攻占世界；斯莱特的余孽鬼脚忍者在神秘的卡拉(章子怡饰)带领下加入了邪恶阵营。
目前，纽约面临着前所未有的威胁。破碎的忍者神龟如何重整旗鼓，齐心协力击退两个更强大的对手？
无名导演再现一代人的集体记忆。
上世纪90年代初，必胜客在中国普及之前，四只直立行走、擅长舞棍的乌龟把披萨的概念深深地灌输到了孩子们的脑海里。动漫《忍者神龟》已经和米老鼠、变形金刚一起成为一代人童年记忆的符号标记，这也是为什么它将被拍成电影的消息在全球掀起了一股绿龟风潮。
其实在盛产超级英雄的美国，忍者神龟的造型真的有些前所未有的邪教味道:主角不高也不帅，身旁没有神器也没有神力。这只是一个真正的拳头和拳头努力拯救世界。作者皮特？拉尔德和凯文？伊士曼1984发表了这部追随超级英雄热潮的漫画，没想到更受欢迎。当时只印了3000本。没想到推出后立即被抢购一空，随后被改编成动画风靡全球十余年，玩具等周边产品也暂时畅销。
聪明的好莱坞人怎么会浪费这种有实力挖钱的素材？所以1990年，新线出品了第一部忍者神龟电影，票房1.35亿。尝到大甜头的新线，后来又出了两部续集。虽然它被批评为粗制滥造，但这个系列迄今为止已经赚了近3亿美元。