故事叙述2030年，互联网的加速发展也带来了犯罪的复杂化。成立了一个旨在提前发现犯罪的种子并消除其危害的组织。这个组织是日本内务部直属的独立部队，是一支社会化程度很高、擅长计算机战的特种部队，俗称“壳中幽灵”。从电脑犯罪、保护国内权贵、搜寻恶性杀人犯、揭露政客腐败、镇压恐怖活动、不能公之于众的暗杀，都在九门公安课程的工作范围之内。
相对于漫画原著和电影改编的故事，《壳子里的鬼S.A.C .》的故事以“傀儡师”为主轴。《S.A.C .》的故事中，主角草籽没有遇到傀儡师，而是留在了公安九班。所以这部作品可以看作是一个与其他作品无关的平行世界。
最早诞生的《蛋壳里的幽灵》是士郎正宗的漫画作品。漫画中设定的世界是2030年后的世界。d，一个由庞大数据组成的世界，无国界的网络成为了这个世界最大的信息源。在意义和身体的发达世界里，人类的定义开始难以区分。电子大脑可以说是世界器官重建手术。通过手术，你可以使你的大脑机械化。所以，信息的获取就像一台电脑。只要连接到脖子上的连接器，数据就可以直接下载到大脑。人不再仅仅是所谓的身体，整个身体都可以很容易的用人造器官或者肢体代替。这就是所谓的假体，所以一个人没有身体上的限制。只要他变换身体，眼睛就有夜视功能，或者有可能以高达120公里的时速奔跑。以后因为有了电子脑，你可以把电子脑拿出来随意改变身体。这是幽灵在贝壳的世界设定。