以神奇宝贝师父为目标，小智和皮卡丘前往新天地一个不为人知的繁华之地。但是，皮卡丘有点不对劲。为了治疗高烧呻吟的皮卡丘，小智联系上了方圆有名的神奇宝贝奥德娟医生。
原来皮卡丘受到了之前火箭弹袭击的影响，体内积聚了大量的电力。如果恶化，可能会爆炸。于是从皮卡丘吸收的电疗马上开始了，但是皮卡丘巨大的电能引起了机械爆炸。
昏迷的皮卡丘就这样逃到了外面。小智博士的横田卷也立即跟进。大约就在这个时候，家住丰原的May正骑着自行车朝Oda Juan博士的方向走去，打算带着原来的神奇宝贝踏上作为神奇宝贝训练师的旅程。
性格开朗活泼的May一知道医生不在所里，马上追了出去。从研究所逃出来的皮卡丘安全吗？小智如何克服新天地的突发危机？
旅程一开始，小智和皮卡丘遇到了一只神秘的神奇宝贝，后来被小智估计是凤凰女王。小智与救他的女人小霞和皮卡丘一起走过，后来遇到了小刚，小刚在尼碧道场后作为新同伴加入。
一行人最后来到应时高原，应时会议的会址。在大会上，肖志的表现出人意料。他不仅打败了来自世界各地的对手，还打败了老对手——奥兰治群岛的道士小猫，获得了应时会议的冠军。
在接下来的故事中，小智带领皮卡丘和新的神奇宝贝踏上新的征程，挑战更强大的敌人和挑战，不断成长进步。与此同时，小智也一直在努力成为真正的神奇宝贝大师。
总之，肖智最终成为了应时大会的冠军，和他的皮卡丘一起勇往直前的冒险故事。