《工作细胞》作为一部科普动画，通过细胞拟人化的方式，将一个人的身体想象成一个巨大的工作场所，讲述人体内不同种类的细胞在这个工作场所的工作和生活。每个人的身体大约由37万亿2000亿个细胞组成，不同类型的细胞承担不同的功能，从而维持身体的正常运转。在工作细胞中，这些细胞有自己的形象和个性。
故事的主人公是一个初入职场的红细胞少女AE-3803。她乐观积极，主要任务是向体内指定器官输送氧气和二氧化碳。可惜红细胞姑娘是个路痴，每天都在不知疲倦地与迷路做斗争。在磕磕绊绊的菜鸟生涯中，红细胞少女遇到了白细胞1146。这个可靠的成年男性，全白，沉默寡言，陌生人不亲近的时候带来一种高冷的感觉。当细菌侵入他的身体后，他非常残忍。他总是血淋淋的，在白色的对比中显得极其耀眼和令人生畏。但其实1146温柔真诚，有时候还带着一点自然的停留。在多次帮助保护红细胞的过程中，与她结下了不解之缘。
除了这两位主角，故事中的其他角色也令人印象深刻:巨噬细胞温文尔雅，穿着华丽的白色礼服，却手持砍刀；血小板是一群像饺子一样柔软可爱的幼儿园小朋友，让观众惊呼“心软”；黑色T细胞是一群肌肉发达的壮汉，穿着黑色的衣服，眼神凶狠。助理T细胞是有能力的军事指挥官，坐在作战室指挥鲁丁，但偶尔也会犯一些可爱的小错误，比如饼干屑粘在嘴角不擦掉。每一个细胞的拟人化设定，无论是外貌还是性格，都与它们的实际功能紧密相关，从而使这些原本笨拙抽象的细胞名称成为真实而富有情感的角色形象，让观众快速记住它们的特点和功能。
《工作细胞》每一集基本上都讲述了一个与人体健康相关的事件，比如肺炎链球菌入侵、流感、雪松花粉过敏、食物中毒等等。在故事中，不仅讲解了致病原理，还展示了免疫系统对抗疾病的手段和措施。尤为难得的是，《工作细胞》丰富的科普知识并没有减损故事的可看性。无论是生动可爱的角色，还是激情四射的打斗，观众都能最直观地享受到叙事本身的巨大魅力。对于细胞来说，人体不仅是它们的工作场所，更是它们的整个世界。
人类的死亡意味着世界的毁灭，他们的一切努力都是为了让世界迎来明天。即使是人体上的一个小伤口，也会因压力失衡导致无数红细胞涌出体外。白细胞、巨噬细胞等免疫细胞在与沿伤口进入人体的细菌、病毒的战斗中，将面临生死考验。当工作细胞变成有血有肉的角色，充满悲欢离合，疲惫受伤，观众对这些角色感同身受，似乎同时重新理解了他们与身体的关系。看着这些细胞努力工作，乐观向上，永不放弃希望，看着他们战斗，死亡，即使身处险境，他们也忍不住反思自己不健康的生活习惯，由此，这部作品实现了它最重要的价值。