第一章
标题:红色、绿色和蓝色文章
主角:小池、小驴和小蓝
反派:火箭
涉及专辑数量:1~3
故事的主旨是:
在镇心镇，有一个非常爱神奇宝贝的男孩“小池”。为了让自己变得更强大，小池拜访了达木研究所，并得到了博士的同意，从他那里得到了一本神奇宝贝图画书和神奇宝贝“妙蛙种子”。达木博士还告诉他，只要收集到所有的插图资料，他就可以成为一名非常厉害的神奇宝贝训练师。
小迟朝着这个目标开始了他的旅程。在旅途中，小池不时遇到达木博士的孙子“小绿”，两人在旅途中成了敌人和朋友。此外，我还认识了一个神秘而机智的女孩“小蓝”。
火箭是一个邪恶的组织，试图利用神奇宝贝获得更多的金钱，以神奇宝贝的力量征服世界，因为镇心镇(纯白镇)有一个适合神奇宝贝居住的纯净环境。于是他们打算把镇心镇(纯白镇)据为己有。于是，肖驰、小驴、小蓝等人来到火箭队的大本营——黄金城的白银公司，与火箭队决战。他们能成功吗？
之后，小池来到了长盘森林。森林里似乎发生了变化，这让迷失在其中的小女孩感到害怕和震惊。幸运的是，小智把小女孩送回了她的家——长盘城。在长盘城，小迟还和火箭队的策展人坂木Boss发生了激烈的战斗。
之后，小池、小驴、小蓝等人参加了三年一度的神奇宝贝联赛。谁会赢得冠军？
第二章
标题:小黄篇
主角:黄啸、小迟、小绿和小蓝
反派:官渡四王
涉及专辑数量:4~7
情节大纲:
在萧驰与白银公司激战后的两年里。有一天，小智收到了王志八签名的挑战，为期四天。接受挑战后，他下落不明，只留下一辆伤痕累累的皮卡车返回达木学院。
正当达木博士等人忙着寻找小智的时候，戴着草帽的神秘男孩“黄啸”出现了。在得到达木博士的批准后，他乘坐一辆皮卡踏上了寻找肖智的旅程。
在寻找孝直的过程中，黄啸与官渡四王发生了多次争斗。其实官渡四王的真正目的是建立神奇宝贝的理想国，消灭大部分人类，只留下理念相同的优秀训练师。为了达到这个目的，四大天王还派出了自己的军团，抢夺八大道馆馆长能够产生强大能量的徽章。
之后，黄啸去了红莲岛，听了道馆馆长夏波的话，结成伙伴去了四大天王的大本营——绯红岛——那里只有一个入口，没有出口。在那里，黄啸会见了为黄啸进行过特殊训练的小蓝、郑辉、小茂和火箭队的三名干部。因为目的相同，他们决定暂时联手，分成四组，每组对战四大天王之一。他们会怎么样？小智是怎么出现的？
第三章
标题:金银和水晶制品
主角:阿津、小银、克丽斯塔、肖智、小茂、小蓝和黄啸。
反派:蒙面人(假面侠)和火箭残余。
涉及专辑数量:8~15(少数)
故事的主旨是:
官渡四天王之战一年后，新的奇遇在这座城市展开。为了追查从空木研究所偷走小锯鳄和从达木博士那里偷走新的神奇宝贝绘本的神秘男孩“白银”，与神奇宝贝亲如兄弟的男孩阿金，带着火球鼠等神奇宝贝和好不容易赢回来的新绘本一起踏上了旅程。
另一方面，为了收集插图的信息，达木博士请来了捕捉专家“克里斯托”。三个人在什么情况下会走到一起？而水军、雷公和颜地也在地震后从朱元城醒来。他们会给培训师的旅程带来哪些改变？
另外，三人面前的神秘敌人——蒙面人，似乎是道观的馆长。神奇宝贝协会为此召集了官渡和成都的道教博物馆馆长，意在抗日，从中找出罪犯。至于肖志等官渡的主角，也因为自己的事业来到了京城，认识了三个有新插画的人。
面具人聚集剩余的火箭并抓住凤凰王和洛奇亚的目的是什么？有历代插图的少男少女能成功阻止他的剧情吗？道观馆长也会有精彩对决...！
第三章精彩剧情开始！
第四章
标题:红宝石和蓝宝石文章
主角:鲁比，沙菲亚
反派:火岩队&；水上舰队
涉及专辑数量:15(最多)~22(很少)
故事的主旨是:
“蒙面人”事件两年后，在丰原地区，一个刚从首都(小金市)搬到这里的名叫Ruby的少年，为了参加此地的神奇宝贝华丽大赛，不顾父亲的反对，偷偷离家出走。没想到，机缘巧合下，他遇到了一个叫莎菲雅的野女孩。
沙菲亚是奥德胡安医生的女儿。因为沙菲亚的目标是拿到方圆所有训练馆的徽章，而露比的目标是拿下方圆所有华丽的比赛，两人发生争执，于是约定80天，看谁能尽快在时限内完成目标，证明自己的实力。就这样，他们踏上了自己的旅程。
与此同时，丰原的两个神秘团体火岩队和水舰队也在蠢蠢欲动。他们的目的是复兴超古老的神奇宝贝、古拉多和盖欧卡，从而建立自己的理想世界。于是，丰原的道观馆长召开紧急会议，商讨对策。
有人能阻止这两个集团的野心吗？Ruby和Safiya能达到目的吗？是什么缘分把他们两个绑在一起？一个全新的传奇即将展开！
第五章
题目:火，红叶和绿篇
主角:肖志小茂小蓝黄啸小银
反派:火箭(三兽，坂崎)
涉及专辑数量:22(小众)~26(小众)
故事大意:超古神奇宝贝复活半年后，在关东，达木博士拿回了小智、和小兰的插画。小兰就要见父母了。一场未知敌人的袭击毁了重逢的喜悦，小兰的父母也消失了。小智和小茂从试图摧毁七岛的火箭队三兽口中得知，袭击小兰的神秘敌人是来自宇宙的DNA神奇宝贝代欧奇希斯，而代欧奇希斯本人也被来自真心镇的绘本主人所吸引。为了打败敌人，三个人从吉美的婆婆那里学到了终极绝招，却意外得知这是火箭坂木的一个阴谋。坂口打算抓住提奥奇尼斯，获得宇宙中最大的力量，从而找到他的儿子。而另一个基因精灵宝可梦的出现，让这场战斗更加精彩...
况且，小银的真实身份也会暴露...
第六章
标题:翡翠物品
主角:米拉特、克丽斯塔、红宝石、萨菲娅、阿金、西尔弗、肖智、、小兰、黄。
反派:铁甲侠(阿奇)
涉及的专辑数量:26(大部分)~29
故事的主旨是:
七岛动乱后约三个月，名为战斗开发区的神奇宝贝战斗职业区开发完成，正在筹备开业仪式。突然，一个少年被神奇宝贝莱提乌斯和拉帝欧斯带到了那里。被称为米·拉特(Mi Late)的他没有携带任何神奇宝贝，但热衷于“神奇宝贝大战”，并威胁要“统治”开发区。本来要挑战战塔的米晚，恰巧打断了开幕式。当然，米迟到受到了开拓之脑的斥责，但来访的媒体认为这是开幕式的桥段之一。为了避免混乱，开拓之脑向媒体宣布设施将开放七天，这将使米拉特有权挑战开发区，因此，的战争之旅开始了。
另一方面，几乎与此同时，“许愿星”在反战先锋区苏醒，觊觎那股力量的魔爪正悄然靠近...
主要连载于《口袋妖怪仙境》(从vol.9开始)，连载于《单身》第26版。
第七章
标题:钻石和珍珠
主角:戴蒙德，帕尔，普兰提娜。
盖子30
反派:银河集团
涉及专辑数量:30~38
故事的主旨是:
这个故事以游戏“钻石珍珠”为新篇章。它叫做“钻石和珍珠”。主角分别是戴蒙德、帕尔和普兰提娜，是2006年6月在小学三年级连载的新故事。还有，主角Diya和Paru的性格和前六章的主角有很大的不同。为了让幼儿园的孩子微笑，钻石和珍珠瞄准了滑稽艺术家。有一天，两个人出现在搞笑艺人们所在的地方，得到了一张旅游券(无限期使用镇沙镇公园的自行车一周)。另一方面，在《ベルリッツ》(没有中文官方解释)中，普兰提娜决定“收集家族徽章”。后来，普兰提娜误以为戴蒙德和帕尔是被雇来做她的保镖，而戴蒙德和帕尔误以为普兰提娜是他们的导游，他们出发前往同一个目的地——天官峰。后来，为了让被一群圆法师打败的波加曼重拾信心，也为了家族的荣誉，普兰提娜接连打败了三个道长，在戴蒙德和帕尔的支持和帮助下赢得了一场华丽的比赛。
几经波折，普兰提娜获得了五枚徽章。他们与戴蒙德和帕尔一起，多次与计划“创造新世界”的银河集团作战，得知他们计划在荔枝湖、齐欣湖和瑞芝湖中的一个湖投下“银河炸弹”，以引出三圣菇并创造一把红色的锁。于是三人分头去三湖阻止银河团的阴谋，但都失败了。(普兰提娜在途中得到了第六和第七枚徽章)结果银河炸弹在荔枝湖爆炸，三圣菇最终落入银河团手中。为了让自己变得更强，普兰提娜接受了第八电磁博物馆主人的特殊训练，并获得了第八枚徽章。帕尔接受了湿原城主人的特殊训练，戴蒙德独自潜入银河集团基地营救三生蘑菇。虽然在基地认识的三个人以“放弃插画”为代价解放了三生蘑菇，但是红锁也完成了。红日带着红锁去天官山见三位干部，却被六亭主人撞了。当三位干部遇到第六馆的主人时，赤木成功召唤出了控制时空的神奇宝贝帕路奇犽和帝牙卢卡，并击败了刚刚击败三位干部的第六馆主人。与此同时，萨奇也来到了天官山。
她的真名是saque，池的新宇宙创造计划从几年前就开始筹划了。当时，为了收集和调查与宇宙有关的PM数据，萨奇潜入火箭队，以便捕捉代欧奇希斯并将其呈现给太阳。同时，我也通过火箭了解了其他组织，帮助了阿奇，因为萨奇觉得让这样一个强大的邪恶消失太可惜了。当时达克莱伊的萨奇技能和超梦技能相撞，产生了意想不到的效果，让五个人石化。萨奇对这一现象十分好奇，在随后的日子里，她一边追戴欧，一边试图破解人类石化的秘密。当时，由于伤势严重，萨奇请求一批混编士兵支援他。萨奇因为顶替欧洲和考察石化的原因，暂时无法重返奥运会，于是将自己的思想注入其中一个混血儿，也就是后来的高级混血儿。杂兵对绘本的重视，也是源于萨奇本人对绘本主人的执着。在追逐欧洲的路上，我遇到了对超级梦想的追求。超梦也想解开五个人的石化。萨奇设法逃离了轨道，回到了天官山顶。三个所有者分别将他们的PM委托给Plantina。因为丝茉茉很穷，所以普兰提娜没有PM，所以她给了普兰提娜她电磁放置的帕奇利兹，普兰提娜的团队正式完成。因为双神里的战斗，整个深澳地区此时山顶上空出现了一个大洞。红太阳认为这里是新世界的中心，旧世界的所有不完美都会被这个洞吸收。(但躲在暗处的冥王星却不这么认为。)就像金手指在空间移动一样，空间的连接变得很奇怪，时间的流动也是不确定的。
为了防止空洞扩大，戴蒙德试图冲进洞内，从另一端将其封闭。
就在这时，突然一股力量拉住了他！
突然，一个巨大的首相从普兰提纳的包里飞出来，抓住了戴蒙德。
与此同时，传送到山顶的脚印由博士看着巨人PM的脚印进行解读。
“被任命一直在等待这一刻。打吧，看在上帝的份上，和驯兽师拼尽全力。”
(另外，台下除了躲在暗处的布鲁托，没有人知道这个PM的名字。)
在雷吉斯卡的克制下，这个洞没有继续扩大。终于双神从束缚中解脱，红日昏迷。既然已经到了山顶，就不能忘记此行的真正目的。
家族纹章完整。
这时躲在暗处的布鲁托看着雷吉斯卡，心里痒痒的。
冥王星的目的是捕捉传说中的PM，但现在更重要的是调查消失的天空中的空洞。
这时，冥王星的行踪被董刚博士等人发现了。骚乱中，测量洞口的仪器正与洞口波长合拍，突然出现一个巨大的身影，在时空中带走了双神和赤木。从冥王星口中，大家都知道了一个破碎世界的存在。
在逃跑过程中，戴蒙德捡起了布鲁托不小心掉在地上的笔记本。
他们明确了下一步该做什么:
帕路奇犽调查笔记中记载的传奇精灵
电磁在隐泉路的黑洞中感受到了强大的力量，并对其产生了兴趣。为了调查黑洞，它首先与作战区域的Oba合并。
其他策展人医院
冠军送馆长去医院。
普兰提娜本来打算找两个以前的保镖，但是听了布鲁托的话后，......
第八章
标题:白金文章
主角:普兰汀娜·贝尔里慈，迪亚，帕鲁。
涉及专辑数量:38~40
特别第39条封面
普兰汀娜·贝尔里慈决定向深澳地区的新区域——战斗开发区出发，决心挑战战斗开发区，向开发区领导打听“破碎时空”的消息，希望能找到因为银河集团的恶作剧而失踪的两名保镖。在战斗发展区，她遇到了正在调查银河团余党的“元帅”神奇宝贝警察，新的战斗故事开始了...
第九章
标题:金色的心灵和银色的物品
主角:阿金，西尔弗，克里斯托，
恶棍:火箭四大天王
涉及专辑数量:40~42
故事的主旨是:
金心魂银主要讲述了一个阿尔宙斯的冒险故事，他的编号是493，也就是大家都很熟悉的720。在这篇文章中，四大天王，阿金，小银和克里斯托正在收集令牌，令牌是***16。
在这篇文章中，阿金的Pokkikku将演变成波克基斯，长尾怪手变成一只长着两条尾巴的奇怪的手...小茂霸王龙让西尔弗进化成了超级钢铁霸王龙，狃拉进化成了马古拉，黑暗鸦也进化成了乌鸦头。....
日本心金魂银已经连载，预计明年发售。
关于剧情:心、金、魂、银的故事分为两部分
1.阿金是主角，买了新西装，跟着小西去了运动场地，参加了运动会，拿了奖牌，遇到了四大天王，后来制服了逃跑的快龙，然后在朱元城看歌舞妓表演，偷偷让PM训练，泰太郎成功进化成了双尾怪手；而且到目前为止，唯一一个没有进化经验的，Poctaro，从侧面看就很不爽。阿金又遇到了博物馆的主人松坂，然后又遇到了尹...接下来，阿尔宙斯突然出现，袭击了道观，然后飞走了。之后，阿金独自追着阿尔宙斯来到了阿鲁夫废墟，见到了受伤的摆渡人，并从他那里得到了光明之石。阿金与阿尔宙斯苦战，随后罂粟连续进化成功，对阿尔宙斯进行了有力的打击。目睹阿金与博胜太郎被羁绊的阿宙斯，终于得到净化，飞走了。结尾用一张图说明阿金又开始了新的冒险。
2.白银是主角。
小银去了漩涡岛的秘密基地见费里，却见不到费里。然而，她遇到了同样来到费里的张晓，被张晓误解为袭击者(费里和张晓的通讯突然中断，让张晓意识到费里遭到了袭击)。然后他们遭到了火箭弹的伏击。
另一方面，三兽之一的查克拉成为了火箭队的新领袖，并在新的狩猎区建立了基地。但只有四个认同坂本的将军突然出现，把查克拉打倒，成为火箭的领导。
西尔弗追踪到了火箭的消息，来到狩猎区，遇到了米纳君，与四将军之一的拉姆达打了起来。从拉姆达可以轻松成为摆渡人这一点来看，可以肯定他已经看到了转变。
在另一边，克里斯托将带着孤儿院的孩子们去远足。她妈妈无法忍受克里斯托穿着研究服去徒步旅行。她想让她在离开前穿上新衣服...然后她在狩猎区遇到了西尔弗。然后她让敏娜君照顾孩子，她和小银就出发了。
之后，他们遭到了四将军之一的雅典娜的攻击...西尔弗成功逃脱并抵达朱元，而克里斯托继续战斗。小银想要会见朱元城的老板松坂，但是被其他老板拦截了。战斗结束后，博物馆主人发现西尔弗的超铁暴龙实际上是由小猫的装甲暴龙进化而来的。西尔弗还讲述了圈熊和坂本失踪的故事:在战斗前沿的战斗结束后，西尔弗带着小茂回到了他的公寓，但没有找到圈熊和坂本。当坂木被发现失踪时，小茂已经变成了灵魂版本，而小银仍然保持着金银时期的形态，并没有解释它是如何变成灵魂模型的。...
银子终于可以看到松叶，发现阿金已经先来了。
另一方面，阿尔宙斯出现在克丽斯塔面前，克丽斯塔也试图抓住阿尔宙斯...四位将军的其他成员都在这里，但四位将军中的第一位阿波罗并不打算阻止克里斯托。他还说，克里斯托是否成功俘虏宙斯不存在任何问题，因为他们的目的只是到达众神的废墟。...
在夺取水晶失败后，阿尔·宙斯飞走了，飞到朱元城并袭击了道观。然后阿尔宙斯又飞走了，金去追阿尔宙斯。西尔弗开始收集剩下的石板(阿尔宙斯的)，后来发现了受伤的水晶。她和她一起去了阿鲁夫的废墟，看到了阿金和阿尔宙斯在搏斗。四位将军正在观看。西尔弗身上的令牌与阿尔宙斯的令牌合拍，以至于阿尔宙斯派西尔弗、阿金、克里斯托、四位将军等人到场祭神。...
在神都的废墟中，四位将军威胁阿尔·宙斯，要求西尔弗交出令牌，西尔弗照做了...阿波罗利用令牌的力量轻而易举地改变了阿尔宙斯的属性，让阿尔宙斯攻击。最后，阿波罗要求宙斯当场制造帝牙卢卡、帕路奇犽和螯合蒂娜。...
正当四位将军中的三位泪流满面时，其余的拉姆达又有了一次尝试...原狩猎区一战战败后，拉姆达回到基地，试图伪装成白银。狱中的查克拉见到了他，告诉他，西尔弗是班木的儿子。本来拉姆达还半信半疑，但当他向西尔弗提及此事时，从西尔弗的反应来看，查克拉说的是实话。
拉姆达突然指挥大嘴蝙蝠用舌头“舔”西尔弗，使西尔弗暂时看不见东西，也发不出声音。这样，坂本回来看到儿子被弄成这样，就会责怪不知情的四将军，他就可以冒充白银的保护者，骗取坂本的信任。
西尔弗突然自己冲向宙斯，拉姆达慌了，马上让其他将领阻止他。阿和白这样做，是为了给他们创造攻击阿尔宙斯的机会，于是他们立刻指挥皇室尽全力。最后，神敖3变回能量，流回阿尔宙斯体内。宙斯攻击了四位将军，让他们消失了。令牌被宙斯吸回体内。重获力量的宙斯再次成为神，也算是彻底的结束了。
第十章
标题:黑白文章
主角:黑人(ブラック)，白人(ホワィト)反派:等离子体。
故事大意:志在称霸美国联盟的布雷克带着Poka等神奇宝贝踏上旅途，遇到了BW公司的总裁白。为了完成《神奇宝贝》的电影制作，他借用了布莱克的雄性神奇宝贝进行拍摄，拍摄时突然遭到神奇宝贝的攻击。为了找出真相，布莱克使用了“吃梦”并进行推理来找出答案。然而，她被怀特告知要支付50倍的修理费，因此她不得不成为怀特“BW”摄影公司的一员，和怀特一起旅行，拍摄和挑战道场。布雷克最终赢得了冠军，并得到了雷希拉姆的认可，击败了N和捷克罗姆以及等离子集团的真正老板魁奇思。