灵体篇（1~17话）
主角不良少年浦饭幽助，在一起交通事故中为了救一名幼童被汽车撞死。但是，连灵界也没有预测到不良少年会因救小孩而死，于是灵界的小阎王给予幽助一次复生的机会，幽助接受了起死回生的考验。
灵界侦探篇（18~51话）
复生时间比预期时间还短的幽助，醒来后作为灵界侦探和牡丹一起铲除在人界做恶的妖怪。在解决各种事件中也认识了新的伙伴和不同寻常的妖怪。
暗黑武术大会篇[户愚吕兄弟篇]（52~112话）
由黑暗组织的股东主办的「暗黑武术大会」如期召开，浦饭幽助、桑原和真、藏马、飞影被选中成为客人组参赛。他们没有拒绝的权利，为了生存下来只能胜利。被选中的他们向暗黑武术大会的会场“自缢岛”前进。
仙水篇[魔界之门篇]（113~153话）
虫寄市周围发生了很多起特殊能力者引发的事件。预兆着魔界与人界相连的隧道将要被打开。企图将境界隧道完全打开，人类全部抹杀的就是前灵界侦探——仙水忍。为了阻止他的计划，幽助他们与仙水的同伴们展开了殊死搏斗。
魔强统一战篇[魔界篇]（154~170话）
通过和仙水的战斗，幽助发觉到自己是妖怪血脉的继承者（魔族），动身寻找自己的祖先雷禅。雷禅死后，幽助举办了争夺魔界之王的大战。
各自的未来（171~174话）
从魔界回归人界的幽助，重新回到了灵界侦探的岗位。这部分描绘了主要角色各自的日常生活，故事就此完结。
外传《TWO SHOTS》
描写的是飞影与藏马初会的短篇故事（遇到幽助1年前）。 是灵界为了分类魔界中的妖怪能力强弱而所区分的一种方式，分为：“D级”、“C级”、“B级”、“A级”和“S级”。以S级妖怪为能力最高，越往下等级的妖怪，能力也就越弱；不过A级并非是魔界中最强能力的区分，而是灵界所能够应付的能力极限只能到A级的程度，而那些已经远远超越A级能力的妖怪，一律都被灵界归类为S级的不可接触之妖怪，但其实S级中还能够分成更细的能力差别；例如：雷禅为S上级的妖怪，但身为人类的仙水忍却只有S下级的程度而已。